فيما انقضت مهلة حكومة الجنوب للبنوك السودانية العاملة بالنظام الإسلامي لتصفية وجودها بالإقليم قبيل طردها، أبدى خبراء اقتصاديون استغرابهم من قرار حكومة الجنوب في ظل ما سموه السودان الواحد. وأمهلت حكومة الجنوب البنوك العاملة وفق النظام الإسلامي حتى اليوم الجمعة 15 فبرايرلتصفية وجودها بالولايات الجنوبية رغم موافقة بعضها على العمل بالإقليم وفق النظامين الإسلامي والتقليدي. والبنوك المطرودة هي "الخرطوم" و"الزراعي السوداني" و"مصرف المزارع التجاري" و"أم درمان الوطني" و"فيصل الإسلامي" و"التنمية التعاوني الإسلامي". وأكدت البنوك المطرودة في تصريحات صحفية تصفية وجودها في جنوب البلاد وأشارت إلى تأخيره تنمية الإقليم وتقليل فرص الاستثمار بجانب الخسائر المتوقعة للبنوك. وفتحت حكومة الجنوب الباب للبنوك الكينية للعمل بجانب "بنك إيفوري" و"بنك النيل" الجنوبيين، مما اعتبر خطوة جريئة نحو الانفصال دون انتظار نتائج الاستفتاء المزمع نهاية عام 2011 لتقرير مصير الجنوب. تنفيذ نيفاشا لكن المتحدث باسم البنك المركزي أزهري الطيب اعتبر أن تصفية البنوك الإسلامية في الجنوب هو تنفيذ لاتفاقية السلام التي تنص على إنشاء نظامين إسلامي بالشمال وتقليدي بالجنوب. وأضاف الطيب أن بنك السودان مع تنفيذ اتفاقية السلام الشامل بكاملها ولا يوجد اعتراض من البنك المركزي على ذلك. وبين أن بقاء تلك البنوك في الإقليم كان لخدمة المواطن. بينما اعتبر رئيس حكومة الجنوب سلفاكير ميارديت في تصريحات صحفية أن اتفاقية السلام أقرت عدم وجود بنوك إسلامية في الجنوب. قرار سياسي ووصف عضو مجلس إدارة بنك فيصل الإسلامي علي عبد الله يعقوب القرار بأنه سياسي و"لم يكن حكيما". وقال في تعليق للجزيرة نت إن البنوك العاملة بالجنوب تسعى لخدمة المواطنين الشماليين والجنوبيين في الجنوب كما تفعل في الشمال. واعتبر الخبير الاقتصادي محمد علي محسي أن ثمة خللا في اتفاقية نيفاشا بالسماح للعمل المصرفي في الجنوب بالطريقة التقليدية وفي الشمال بالطريقة الإسلامية. وقال للجزيرة نت إن قرار حكومة الجنوب سيفتح الباب للبنوك الأخرى العاملة بالطريقة التقليدية لتقتحم الجنوب وستكون معظمها أجنبية لها حق تحويل أرباحها للخارج وذلك ضربة لاقتصاد الجنوب والشمال معا. وأضاف أن هذا "الانفصال الاقتصادي" سيؤدي تدريجيا "مع تحولات أخرى" إلى انفصال الجنوب كليا. أما الخبير الاقتصادي حسن ساتي فاعتبر الخطوة تحضيرا للانفصال، مشيرا لعدم وجود حجة قوية لطرد البنوك المعنية، لأن بنك السودان وافق على طلبهم، وقال للجزيرة نت إن الجنوب أصبح الآن دولة مستقلة ولم يبق له غير إعلان الانفصال الكامل