استمعت محكمة جنايات الجيزة، برئاسة المستشار محمد ناجي شحاتة، إلى الشاهد الأول الذي أنكر رؤيته لمن قام بأحداث حرق الكنيسة. فيما قال الشاهد الثاني: إن المتهمين الموجودين مسئولون عن حريق كنيسة كفر حكيم، وقال إنه فوجئ بهرج ومرج، وبسؤاله للمارة قالوا إن بعض الشباب يقومون بحرق الكنيسة، وبسؤاله عما أراد أن يضيف شيئا، قال إن ما جاء في التحقيقات منسوبا إليه خاطئ، ولم يحدث أنه لم يقل شيئا أمام النيابة. وأفاد الشاهد الثالث، بأنه سمع بعض الناس يقولون إنه شاهد على حرق الكنيسة، لكنه لم ير شيئا ولم يشاهد ما حدث، وأشار إلى أنه عقب فض اعتصامي رابعة والنهضة أغلق المقهى الذي يملكه وذهب إلى بيته، وأضاف أنه لا يعرف شيئا إطلاقا. وقال الشاهد الرابع ضابط بالأمن الوطني إنه لا يذكر وقائع إحراق الكنيسة، وأوضح معرفته بوقوع الحادث من خلال وجوده بفرقة شمال أكتوبر، وأكد أنه لا يتذكر شيئا لكثرة عدد المأموريات التي يخرج فيها، وبسؤال الدفاع عن تناقض أقوال الشاهد مع ما قاله في النيابة العامة حيث قال إن سبب الحريق إلقاء زجاجات المولوتوف، واستخدام مواد سريعة الاشتعال، بينما أثبت تقرير المعمل الجنائي أنه تعذر إثبات استخدام مواد تساعد على الاشتعال. وعقب ممثل النيابة العامة، أن ما جاء في تقرير المعمل الجنائي بسبب طول الفترة حتى تمت المعاينة، وذلك لصعوبتها بسبب ظروف تلك المنطقة عقب فض رابعة والنهضة. وبسؤال الدفاع للشاهد عن المصادر التي جمع منها المعلومات التي قالها في النيابة، صرح الشاهد بأنه من عدة مصادر سرية ولا يستطيع البوح بها حفاظا على الأمن العام، وبسؤاله عن سبب عدم إجرائه معاينة لمكان الواقعة، قال الشاهد إنه اختصاص مركز كرداسة وليس من اختصاصه، وأوضح أنه جمع المتهمين وأسماءهم عن طريق مصادره السرية، وأكد الشاهد أنه قال كل ما حدث أمام النيابة، ولا يذكر شيئا حاليا. وقال الشاهد الخامس ضابط الأمن الوطني، إنه في 11 أغسطس 2013، حدث اجتماع سري بقيادة محمد بديع المرشد العام وعدد من قيادات الجماعة بإحدى الغرف الملحقة بمسجد رابعة العدوية، وكان الاجتماع بهدف الإعداد لعدد من الإجراءات التصعيدية ضد الدولة، وانتهى الاجتماع إلى ضرورة إثارة العنف والشغب في جميع أنحاء الجمهورية. وأعقب ذلك اجتماع آخر لقيادات الجماعة، وعدد من الجماعات الموالية للإخوان، وقاموا بعد ذلك بتوزيع التكليفات على مسئولي الجماعة بالمحافظات ومن بينها محافظة الجيزة التي كلف أعضاء الجماعة بها بحرق واقتحام الأقسام ودور العبادة المسيحية بهدف زعزعة الأمن والاستقرار وإثارة الفتنة الطائفية. وقال إنه في سبيل أعضاء الجماعة للتنفيذ أعدوا الأسلحة البيضاء والنارية والمولوتوف والعصى، واستعانوا بالعديد من أعضاء الجماعة بكفر حكيم وأعضاء التيارات المتشددة الأخرى، وخلال مساء يوم فض رابعة والنهضة بدأت قيادات الجماعة والموالون لها بالتجمع أمام كنيسة العذراء مريم. وأسندت النيابة للمتهمين في القضية، وعددهم 73، متهمًا اتهامات من بينها تهمة الانضمام إلى جماعة أسست على خلاف أحكام القانون والدستور، وإحراز أسلحة نارية وذخائر غير مرخصة وأخرى ممنوع ترخيصها والشروع في القتل، وإضرام النيران عمدًا في منشأة دينية بكنيسة مريم العذراء بكفر حكيم، وقطع الطريق العام أمام حركة سير المواصلات العامة، ومقاومة السلطات.