بدأت الأجهزة الأمنية بوزارة الداخلية تحقيقات مكثفة حول الحادث الإرهابي الذي أدى لاستشهاد 23 من ضباط وجنود حرس الحدود بالفرافرة، حيث أجرى فريق من قطاعي الأمن الوطني والأمن العام استجوابات مكثفة لعدد من العناصر التكفيرية التي تم القبض عليها بعد مداهمات شاركت فيها القوات المسلحة والشرطة للمناطق الجبلية الملاصقة لمكان الحادث. جاء ذلك بعد أن أوفد اللواء محمد إبراهيم، وزير الداخلية، مساعديه للأمن لعام والأمن الوطني وفرق من البحث الجنائي بمديريات أمن الجيزة وأسيوط والمنيا لإجراء تحقيقات موسعة للوصول للعناصر الإجرامية التي نفذت الجريمة، وقد استمعت الأجهزة الأمنية لعدد من شهود الواقعة الذين شاهدوا سيارات الدفع الرباعي المحملة بالأسلحة الثقيلة التي اقتحمت المنطقة الجبلية ونفذت الجريمة. وقال الشهود في التحقيقات إنهم كانوا يرتدون ملابس الأعراب، وإن عملية استهداف قوات الجيش استمرت أكثر من 40 دقيقة، خاصة بعد قيامهم باستهداف مخزن الذخيرة، ما تسبب في إحداث حالة من الذعر بالمنطقة. وما زالت أجهزة الأمن تواصل جهودها بحثا عن عناصر تكفيرية أخرى، بعد ورود معلومات بتجمع أعداد كبيرة من هذه العناصر في تلك المنطقة، على مدى الأشهر الثلاثة الماضية.