في أقل من عامين شهدت المحكمة الدستورية العليا حلف اليمين الدستوري من 3 رؤساء من بينهم رئيس مؤقت، واثنان منتخبان انتهى الحال بأولهما معزولًا بعد ثورة شعبية.وشهدت العلاقة بين المحكمة الدستورية التي تم تأسيسها في 1969، ومؤسسة الرئاسة حالة من الاحتقان الشديد، خلال فترة حكمه، وبدأها بعد أيام من توليه الرئاسة.مرسي يتحدىالخلاف الأول بين المعزول محمد مرسي وبين المحكمة كان عقب توليه الرئاسة ب8 أيام فقط، وتحدى مرسي أحكام المحكمة التي قضت بحل مجلس الشعب لعدم دستورية قانون الانتخابات، وسحب قرار حل مجلس الشعب، وشمل القرار أيضا عودة المجلس لحين انتخاب مجلس جديد بعد شهرين من إقرار الدستور، وتم عقد أولى جلسات المجلس في 10 يوليو 2012.قرار مرسي لم ترضه المحكمة حيث أصدرت بيانا قالت فيه إن "أحكامها وكل قراراتها نهائية وغير قابلة للطعن بحكم القانون، وإن هذه الأحكام في الدعاوى الدستورية وقراراتها بالتفسير ملزمة لكل جهات الدولة".وأضاف البيان "إن المحكمة ماضية في مباشرة اختصاصاتها التي عقدها الدستور لها، وفي مقدمتها أنها تتولى دون غيرها الرقابة القضائية على دستورية القوانين واللوائح" وأنها ستنظر في الطعون المقدمة لها بصفة مستعجلة المطالبة بوقف قرار الرئيس، وهو ما حدث حيث قررت المحكمة وقف القرار، ولتسجل المحكمة الهدف الأول في مرمى المعزول، ويتم حل المجلس بلا عودة.حصار الدستوريةوعقب نظر المحكمة الدستورية العليا لدعوى بطلان مجلس الشورى وكذلك الجمعية التأسيسية لوضع الدستور في ديسمبر 2012، فقد تمت محاصرة المحكمة ب5 آلاف من أنصار الجماعة، واستمر ذلك الحصار 18 يومًا، ورددوا هتافات مناوئة للمحكمة، كما اتهموا قضاتها بالسعي ل"هدم مؤسسات الدولة المنتخبة"، ومن بين الهتافات التي رددها المتظاهرون "الشعب يريد حل المحكمة الدستورية"، و"يا قضاة الدستورية اتقوا شر المليونية". وبسبب الحصار لم يجد مستشارو المحكمة بدًا من تعليق الجلسات، وتأجيل نظر الدعويين إلى أن تم الحكم فيهما في يونيو 2013وبسبب خلافات المحكمة مع مرسي فقد تم العبث بالمواد الخاصة بها في دستور الإخوان، حيث تم تقليل عدد أعضائها إلى 11 فقط وهو ما يعني استبعاد 7 منها، وقيل إن ذلك التعديل كان لاستبعاد فقط المستشارة تهاني الجبالي، وقد تم تدارك ذلك في الدستور الجديد.مبارك يتحايلولم يكن مرسي هو الرئيس الأولى الذي يصطدم بالمحكمة الدستورية العليا، حيث أصدرت المحكمة الدستورية العليا حكمًا بحل مجلس الشعب ذي الأغلبية البرلمانية من الحزب الوطني عام 1990، إلا أن مبارك استطاع هزيمتها بصورة قانونية حيث استند إلى مادة دستورية تتيح له الحق في استفتاء الشعب على ما يراه من قرارات، فقام بالدعوة إلى استفتاء على حل البرلمان، ولم تستطع المحكمة الاعتراض لتحصين القرار بمادة دستورية.
