رغم أن واحة سيوة في قلب الصحراء الغربية التي تندر مصادر الماء بها إلا أنها تضم 4 بحيرات رئيسية أولها بحيرة الزيتون وهي مصرف زراعي قديم مساحته 5760 فدانا ثم بحيرة أغورمي شمال شرق الواحة ومساحتها 960 فدانا تقريبا. ثم بحيرة سيوة غرب مدينة شالي ومساحتها 3600 فدان تقريبا وبحيرة المراقي غرب الواحة بمنطقة "بهي الدين" ومساحتها 700 فدان تقريبا وتزداد وتنحصر البحيرة حسب المياه الواردة لها من المصارف الزراعية وتغطي 11 ألفا و400 فدان من مساحة سيوة وهي مساحة كبيرة من الأراضي. بخلاف الآبار والعيون في مختلف أرجاء الواحة وهي مياة متدفقة ذاتيا عذبة ويبلغ عدد الآبار 1200 بئر وهذا العدد يتناقص حيث يتم غلق آبار منها وتجميعها في آبار مجمعة ذات تدفق قوي ومحكم وأعماقها تتراوح بين 50 متراً إلي 1500 متر مثل الدكرور وبئر بهي الدين وبئر الغزالات.. ومن أمثلة العيون وأشهرها عين جوبا وفطناس. ولعل هذه العيون والبحيرات جعلت من سيوة مقصداً للسياحة وهو أيضا ما جعل الدولة تعتبر ها محمية طبيعية. يقول عبدالعزيز زكريا أحد أبناء سيوة بأن هذه البحيرات جعلت من سيوة مزاراً للسياح من مختلف البلدان وطوال العام نظراً لجمال جوها ونقاء طبيعتها ويري جمال يوسف منصور صاحب فندق إن بحيرات سيوة هي هبة الله لأهل الواحة فهي ترسم صورة جمالية ابدعها الخالق علي الأرض فعلي سبيل المثال شبه جزيرة فطناس تحيط بها المياه من 3 جوانب وتضم جميع أنواع الزراعات الأمر الذي جعلها متنزهاً طبيعياً يحرص جميع زوار سيوة علي قضاء وقت بها للتمتع بجمال الطبيعة. يضيف محمد صالح أن استغلال الاهالي الجائر لحفر الآبار أدي إلي انخفاض انتاجية الأرض الزراعية وبوار مساحات كبيرة بسبب ارتفاع منسوب المياه الجوفية وصرفها علي البحيرات وهو ما يلزم باتخاذ إجراءات لحماية الواحة من الغرق. يقول حمادة يوسف إن بحيرة شياطة علي حافة بحر الرمال الاعظم ورغم ارتفاع درجات الحرارة صيفا فإن الماء بها بارد مما يجعلها مزاراً سياحياً وخاصة لرواد سياحة السفاري. ويضيف ستظل سيوة قبلة السياحة في مصر طوال العام إذا ما تم وضعها في بؤرة اهتمام وزارة السياحة.