أصدر الرئيس عبدالفتاح السيسي قرارا جمهورياً رقم 512 لسنة 2016 بتعديل بعض أحكام قرار رئيس الجمهورية رقم 233 لسنة 2014 بشأن تنظيم الامانة العامة لمجلس الدفاع الوطني. ونصت المادة الأولي علي: يستبدل بنص المادة الخامسة من قرار رئيس الجمهورية رقم 233 لسنة 2014 المشار إليه بالنص الآتي: المادة الخامسة: يعين الامين العام عدداً كافيا من ضباط وضباط صف القوات المسلحة "المعارين من وزارة الدفاع" وغيرهم من الدرجات الوظيفية من دون الدرجة الممتازة ويلحق بالامانة العامة عدد كاف من الموظفين المدنيين. علي أن يتم اختيارهم وفق الضوابط والشروط المحددة بلائحة شئون العاملين ويصدر بتعيينهم قرار من الامين العام كما يجوز له ندب من يري الاستعانة به لمعاونة الامانة العامة في القيام باختصاصاتها. تضاف مادة جديدة برقم السادسة مكرر إلي قرار رئيس الجمهورية رقم 233 لسنة 2014 المشار إليه نصها كالآتي: السادسة مكرر: يختص الامين العام بإصدار اللوائح المالية والإدارية لتنظيم العمل بالأمانة العامة للمجلس ومنها لائحة شئون العاملين وذلك دون التقيد بالقواعد والنظم الحكومية المعمول بها في هذا الشأن.