لم تشهد الألفية الجديدة أي مواجهة بين الزمالك والصفاقسي في البطولات الأفريقية. حيث كانت آخر مواجهة عام 1996. لكن خاضوا عدداً من المباريات في دوري أبطال العرب. خاض الزمالك في الألفية الحالية 10 مباريات أمام الأندية التونسية "الترجي والأفريقي والنجم الساحلي". نجح الزمالك في تحقيق 4 انتصارات علي الأندية التونسية. وخسر في 3 مباريات وتعادل في 3 مباريات. سجل لاعبو الزمالك خلال ال 10 مواجهات 13 هدفاً بينما تلقت شباك الزمالك العدد ذاته من الأهداف في تلك المواجهات. 2001 لعب الزمالك أمام الأفريقي التونسي في ربع نهائي كأس أبطال الكؤوس ونجح الفريق الأبيض في الفوز ذهاباً في مصر بنتيجة 1/صفر وخسر في مباراة الإياب بنتيجة 3/1 وخرج من البطولة. 2002 خاض الزمالك مباراتين أمام الترجي التونسي في دور المجموعات لدوري أبطال أفريقيا. تعادل الزمالك في مباراة الذهاب خارج ملعبه بنتيجة 1/1. وحقق الفوز علي مباراة الإياب بنتيجة 1/صفر. الزمالك في تلك النسخة تصدر مجموعته ونجح في النهاية بالتتويج بالبطولة الأفريقية. 2005 تواجد الزمالك في مجموعة ضمن ناديين من تونس في مجموعات دوري أبطال أفريقيا وهم الترجي التونسي والنجم الساحلي. لعب الزمالك مباراته الأولي أمام النجم في القاهرة وتعادل بنتيجة 1/1. واستضاف الترجي في القاهرة وتعادل 1/1 أيضاً. وفي تونس نجح الزمالك في الفوز علي الترجي بنتيجة 2/1 وخسر أمام النجم الساحلي بنتيجة 2/1 في تلك النسخة الزمالك تأهل لنصف النهائي كوصيف للمجموعة وخرج من الأهلي بعد ذلك. 2011 آخر مواجهات الزمالك والأندية التونسية في المسابقات الأفريقية