بعد اعتراف د. محب الرافعي وزير التربية والتعليم بضعف الرقابة علي مدارس الإخوان وتأكيده علي ضرورة سيطرة الوزارة عليها ومتابعة ومراقبة الافكار التي يتلقاها الطلاب. طالب خبراء التربية بالاسراع بالفصل بين الملكية والإدارة في هذه المدارس وأن تكون تابعة إداريا لوزارة التربية والتعليم والتأكيد علي تدريس مناهجها ويتم حذف أي مناهج اضافية قد تضر بأمن مصر أو تساهم في الترويج للعنف وتحريض الطلاب ضد أمن الوطن. أكد الخبراء علي ضرورة استبدال المدرسين الإخوان بآخرين ليس لهم انتماءات سياسية وأن يكون للوزارة رؤية واضحة ومحددة لتفادي الازمة منوهين إلي أن المشكلة لا تتمثل في وجود مدارس إخوانية فقط ولكنه في وجود إدارات تعليمية بأكملها تابعة للإخوان!! يقول د. كمال مغيث "خبير تربوي" إن القرار الوزاري رقم 306 لعام 1993 ينظم العلاقة بين وزارة التربية والتعليم ومدارس القطاع الخاص ويؤكد علي أن تقوم المدارس الخاصة بتدريس المناهج الحكومية نفسها وعند إضافة أي مناهج أخري فمن الضروري أن توافق عليها الوزارة. أضاف أنه يحق للوزارة اخضاع هذه المدارس لها إداريا وماليا إذا ظهرت منها أية مخالفات أو تم تنظيم فعاليات سياسية أو طائفية منوها إلي أن وضع مدارس الإخوان تحت الاشراف المالي والإداري للوزارة لا يكفي لمواجهة مخاطر هذه المدارس خاصة وأنه لا يشمل مراقبة المناهج أو ما يتم داخل الحصص الدراسية وما يتلقاه الطلاب من المدرسين الإخوان لانه قد يقوم المدرسون بتوجيه الطلبة وتحريضهم ضد الوطن والتقليل من شأن ثورة 30 يونيو وحثهم علي العنف الذي يضر بأمن وسلامة الوطن. طالب د. مغيث وزارة التعليم برؤية واضحة تمكنها من مواجهة الإخوان لأن المشكلة كبيرة ولا تقتصر فقط علي وجود مدارس تابعة للإخوان بل هناك ادارات تعليمية بأكملها وبالتالي لابد من وضع آليات تضمن تجريد المدارس والإدارات من أية توجهات سياسية مع فرض رقابة صارمة علي المناهج والحصص الدراسية لضمان عدم الاضرار بأمن مصر. طالبت د. نادية جمال "استاذ اصول التربية بجامعة القاهرة" بفصل الملكية عن الإدارة بحيث تكون مدارس الإخوان تابعة اداريا لوزارة التربية والتعليم ويتم معاملتها مثل المدارس الحكومية من حيث المناهج ومطابقتها لمناهج الوزارة مع ضرورة حذف كل ما يخالف مناهج الوزارة وأيضا تكون الوزارة مسئولة بتعيين المدرسين الذين لا ينتمون لجماعة الإخوان. أكدت د. نادية علي ضرورة الاسراع بوضع الإدارة تحت تبعية وزارة التربية والتعليم مشيرة إلي أن الاشراف وحده لا يكفي وأن هناك تباطؤا وتخاذلا في هذا الاتجاه لانه كان من الضروري التصدي للإخوان منذ أن تم الحكم بمصادرة أموالهم وكان يتحتم علي الوزارة أن تقوم فورا بحسم الأمر وتخليص المدارس من قبضة الإخوان. قالت د. شاهيناز الدسوقي "مدير مديرية التربية والتعليم بالقاهرة سابقا" انه يتحتم علي وزارة التربية والتعليم القيام بمتابعات ومراقبات جادة ودورية ومستمرة علي المدارس لمعرفة ما يتم داخلها وما يتم بثه في عقول الطلاب وتقييم المناهج وأساليب التدريس وما يقوم به المدرسون من توجيهات للطلبة وتؤثر عليهم وعلي افكارهم واتجاهاتهم. اضافت أنه لابد أن يحترم المدرسون أدوارهم ويقومون بواجباتهم علي الوجه الأكمل ويحرصون علي مصلحة مصر من خلال تصحيح مسار التلميذ وتربيته علي نبذ العنف والتطرف.