كشف تقرير غرفة العمليات المركزية بالمجلس القومي لحقوق الإنسان حول عملية استفتاء المصريين علي مشروع الدستور في مرحلته الأولي عن وقوع العديد من المخالفات التي تتمثل في تأخر فتح بعض مقار اللجان الانتخابية وممارسة الدعاية التوجيهية أمام مقار بعض اللجان وتوجيه إرادة لبعض الناخبين داخل بعض اللجان وخارجها. أشارت الغرفة في بيان لها إلي أنه من بين المخالفات منع بعض المراقبين من ممارسة مهامهم وعدم اعتراف بعض رؤساء اللجان وقوات تأمين اللجان بتصاريح المراقبة التي يحملونها ووجود تصويت جماعي ببعض اللجان وتوزيع رشاوي انتخابية وتسويد بطاقات من قبل رؤساء بعض اللجان ومنع ناخبين من التصويت وارتباك إداري وسوء تنظيم وعدم وجود كشوف الناخبين ببعض اللجان. وتكرار الأخطاء بها وغلق بعض اللجان قبل الموعد المحدد رغم قرار اللجنة بتمديد مدة التصويت. وطالبت عدة منظمات حقوقية بإعادة المرحلة الأولي من الاستفتاء علي الدستور الجديد. وقال الناشط الحقوقي نجاد البرعي رئيس جماعة تنمية الديمقراطية انه خلال عملية الاستفتاء علي الدستور الجديد وقع العديد من التجاوزات والانتهاكات التي تؤدي إلي فساد العملية بالكامل وبطلان نتائج المرحلة الأولي من الاستفتاء وفقاً لتقارير محكمة النقض منذ عام .2005 وأضاف أن اللجنة العليا الانتخابية لم تحقق بعد في أي انتهاكات وتم إرسال بلاغات كثيرة بها لكنها لم تلتفت إليها علي الإطلاق.. و أشار البرعي إلي أن عملية الفرز تمت في الظلام علي الرغم من أن هناك حكما صادرا من مجلس الدولة في عام 2005 يلزم لجنة الانتخابات بأن تنقل عملية الفرز من داخل اللجان إلي خارجها عن طريق الدوائر التليفزيونية المغلقة .