تسبب عدد من القوانين التي أصدرها الرئيس عبد الفتاح السيسي في اشتعال الحرب بين الحكومة والنواب أثناء مناقشتها في البرلمان، وكان أبرز تلك القوانين.. "قانون الخدمة المدنية".. الصدام الأول بين الحكومة والنواب في الوقت الذي رفضت فيه لجنة القوى العاملة بمجلس النواب قانون الخدمة المدنية بإجماع الآراء، مشيرة إلى أن القانون به عوار في عدد من مواده، ومجحف لحقوق العمال، أكدت مصادر حكومية أنه لا يمكن التراجع عن القانون، خاصة أن موازنة الدولة تم وضعها بناء على القانون الجديد، مشيرة إلى أن التراجع عنه يحمل الدولة نحو 17 مليار جنيه. الدكتور أشرف العربي، وزير التخطيط طلب من نواب البرلمان أن يصوتوا بالموافقة على القانون، قائلا: "أقترح عليكم الموافقة على القانون، وأن تدعمونا للإسراع بإقراره، وإذا كانت هناك مادة أو أكثر تعترضون عليها ممكن تعديلها". ومن جانبه، قال عبد الفتاح محمد عبد الفتاح عضو مجلس النواب، عن حزب مستقبل وطن، عن دائرة منتزه أول في الإسكندرية، إن رفض قانون الخدمة المدنية لا يعني رغبة النواب في الصدام مع الحكومة، ولكنه نابع من الحرص على المصلحة العامة مطالبا بضرورة تعديل القانون. وأضاف "عبد الفتاح" في تصريحات خاصة ل"المصريون"، أن القانون صدر في غياب مجلس النواب، مؤكدا أن القانون به عوار دستوري، فضلا عن أن هناك جهات لم يطبق عليها القانون مثل وزارة العدل والسكة الحديد. وتابع: إذا كان هناك مادة أو مادتين سلبية في القانون فإنه لا يجوز للمجلس أن يعدله حاليا، فإما نرفض القانون كله أو نوافق عليه كله، مطالبا بإعادة صياغة القانون مرة أخرى.
الثروة المعدنية أثار رفض قانون الثروة المعدنية، حالة من الاختلاف بين أعضاء المجلس فضلا عن خلاف بين النواب والحكومة، حيث رفض النواب القانون، ثم تم تمريره بموافقة النواب بنسبة مؤيدين أعلى من الرافضين، بعد مطالبة الحكومة متمثلة في وزير الدولة للشؤون القانونية مجدي العجاتي بإعادة التصويت على أن تقدم مذكرة إيضاحية للنواب لشرح مساوئ القانون القديم، والآثار السلبية التي ستترتب على رفض القانون الجديد وكذلك مزاياه، مشيرا إلى أنه "حال رفض القانون فإنه بذلك سيفوت على الدولة 9 مليارات جنيه بالميزانية الجديدة". وأوضح أن قانون الثروة المعدنية القديم كان يضيف لميزانية الدولة 450 ألف جنيه فيما يخص المحاجر، أما عقب إقرار القانون الحديد فإن المحاجر ستضيف للميزانية مليار جنيه. كما نشبت أزمة ومشادات عنيفة بين النواب وممثل الحكومة عمرو طعيمة رئيس هيئة الثروة المعدنية خلال مناقشات القانون. وخلال الجلسة اللجنة سأل بعض النواب عن صحة ما تردد عن سطو القوات المسلحة على المحاجر، وهنا رد طعيمة قائلا: "القوات المسلحة لم تسط على المحاجر". وهاجم النواب ممثل الحكومة، وقال النائب سمير رشا: "سياستكم أدت لتفشي الفساد وتتحركون لصالح مصانع الأسمنت". وهاجم النائب الدكتور علي الكيال الحكومة قائلا: "هؤلاء يعملون ضد الدولة ويساهمون في تفشي الفقر في الصعيد ويثيرون الشعب". وأضاف: "هؤلاء طابور خامس وينسبون للقوات المسلحة الأخطاء، هؤلاء قفلوا بيوت الناس وبنشتري كل حاجة سوق سوداء وكأننا إرهابيين أو تجار مخدرات فين الدولة"؟
تنظيم بعض إجراءات الطعون على عقود الدولة رفض 159 نائبا قانون رقم 22 لسنة 2014 بتنظيم بعض إجراءات الطعون على عقود الدولة، ما اضطر المجلس إلى إعادته إلى اللجنة المختصة. النائبة نشوى الديب قالت خلال الجلسة: أرفض القانون لأنه به مخالفة صريحة للمادة 97 من الدستور التي تكفل حق التقاضي لكل المصريين والنص الذي يقول إن الحكومة تدير أملاك الدولة لصالح الشعب ومن حق الشعب حماية هذه الأملاك وهذا القرار يقيد السلطة القضائية من السلطة التنفيذية. وفي السياق نفسه، قال النائب خالد يوسف: "أطالب النواب بإسقاط القانون"، متسائلا: "ماذا يضير مستثمرا شريفا مع دولة شريفة من أن مواطنا يتقدم بطعن لو أن الطاعن في غير محله، فإن القضاء الذي نقول إنه شريف سيرفضه إلا إذا كنت تحمي فسادا معلنا من مستثمر مدلس". فيما أكد الدكتور محمد عبد الغنى، عضو مجلس النواب المستقل عن دائرة الزيتون والأميرية، القانون يعد حماية للفساد وبه تعد على المال العام. وأضاف في بيان صحفى، أن القانون مخالف للدستور الذي يمنع تحصين أي قرار إدارى، موضحا أن الدستور ينص أيضًا على أن مجلس الدولة هو المنوط به مراجعة العقود التي تبرمها الدولة والنظر في أي طعون عليها، كما أنه لا يجوز تطبيق القانون بأثر رجعى. وأشار عبد الغنى إلى بعض الأمثلة على الطعون التي تمت، وتم بها استعادة شركات للقطاع العام وأشهرها عمر أفندى وشركة طنطا للكتان. وفي سياق مختلف، دافع النائب محمد أبو حامد عن القرار بالقانون، قائلا إنه يواجه العشوائيات التي كانت تحدث أثناء الطعن على العقود ويحدد الخسائر الكبيرة التي ترتبت على تكلف الدولة مبالغ كبيرة نتيجة لجوء المستثمرين إلى التحكيم الدولي.