بدت نذر بوادر أزمة بين الحكومة ومجلس النواب القادم، حتى قبل الانتهاء من إجراء الانتخابات البرلمانية. ففي حين تتمسك الحكومة بأحقيتها في إصدار قانون يُنظم اللائحة الداخلية للبرلمان قبيل انعقاده، يرى سياسيون، أن "اللائحة الداخلية هي أحق أصيل للمجلس ينُظمها كيفما شاء". واعتبر الدكتور إيهاب الخراط، القيادي بالحزب المصري الديمقراطي، أن أي محاولة لتدخل الحكومة في شئون مجلس النواب القادمة ستكون "غير مستحبة"، وذلك لأن مجلس النواب هو الجهة التشريعية والكيان التشريعي الذي يُنظم "سيل التشريعات" التي صدرت خلال الفترة الأخيرة. وأضاف الخراط في تصريح إلى "المصريون"، أن وزارة الشئون النيابية تُحاول أن تأخذ البادرة وأن تظهر للرأي العام، أن اللائحة الداخلية هي اختصاص لها، مع أن هذا غير صحيح مطلقًا، لافتًا إلى أن البرلمان القادم لن يكون تحت أضراس الحكومة، وأن أي محاولة لتقليص صلاحياته سيواجهها "الشعب بقوة". يأتي هذا في ظل تأكيدات، بأن المستشار مجدي العجاتي، وزير الشئون القانونية ومجلس النواب، انتهى من إعداد اللائحة الداخلية للبرلمان المقبل تمهيدًا لعرضها على الرئيس عبدالفتاح السيسي لإقرارها قبل انتخاب المجلس الجديد قبل انعقاده. وأوضح أن اللائحة الداخلية تتضمن تقليصا شديدا إلى الحد الأدنى لكل المميزات التي كان يحصل عليها أعضاء مجلس الشعب سواء مادية أو عينية و إلغاء معظم الاستثناءات التي كانوا يحصلون عليها سواء مميزات في عملهم الحكومي أو الخاص وإلغاء استثناءاتهم بالحصول على فرص عمل في الوزارات لهم أو لأبنائهم أو أقاربهم أو من يوصون بهم في الكليات العسكرية والشرطة. وبحسب مصادر حكومية، فإنه تم وضع عقوبات تصل إلى حد الفصل من عضوية المجلس في حالة ثبوت سوء استغلال "الحصانة"، سواء منهم أو ممن يتبعهم ومعاقبة أي مسئول حكومي يقدم لهم أية تسهيلات شخصية أي كانت. إلي ذلك، حذر طلعت فهمي، الأمين العام لحزب "التحالف الشعبي" من أن تفكير الحكومة في وضع اللائحة الجديدة للبرلمان، سيضر كثيرًا بمدى مصداقية الحكومة أمام الرأي العام، وسينتقص كثيرًا من صلاحيات مجلس النواب، الذي سيتهم من جانب الشعب بأنه "بلا صلاحيات كاملة". وأضاف أن "البرلمان القادم يجب أن تكون له الحرية الكاملة في اختيار لائحته التي تنظم العمل به"، مشددًا على ضرورة تراجع الحكومة عن فكرة "مسئوليتها عن اللائحة الداخلية للبرلمان". وكان المستشار مجدي العجاتى، وزير الشئون النيابة صرح سابقًا بأنه "لن يتدخل في شئون المجلس الجديد الداخلية"، موضحًا أنه سيتم العمل باللائحة القديمة لمجلس النواب حتى يُنظم المجلس الجديد لائحته التي تُنظمه. غير أن مصادر قريبة نفت تلك التصريحات، وقالت إن "الأيام القادم ستشهد صدور مرسوم جمهوري بإصدار الحكومة للائحة مجلس النواب الجديد وتشتمل على تقليص صلاحياته بشكلٍ كبير".