أحد أبرز الشخصيات الداعمة لأحداث 3 يوليو، سخر كل إمكانيات وزارته المتاحة لدعم النظام، أكثر الوزراء المرضي عن أدائها طيلة فترة توليته زمام الوزارة، ويعد كذلك أبغض الأشخاص لدي جماعة الإخوان وأنصارها نظرًا لوصفهم بأنه يخدم نظام الرئيس عبدالفتاح السيسي بطريقة "عجيبة". محمد مختار جمعة.. وزير الأوقاف الذي تم تعيينه في 16 يوليو 2013م ضمن وزارة حازم الببلاوي التي تشكلت كأول وزارة بعد أحداث 3 يوليو 2013. رحب بتعيينه حركة "أئمة بلا قيود" بدعوى أنه كان مستقلا سياسياً وكونه عميداً منتخباً من أعضاء هيئة تدريس كلية الدراسات الإسلامية، مطالبين إياه بالعمل على تطهير الوزارة من الفساد. قرارات جمعة اتخذ مختار جمعة، بعد مجيئه عدد قرارات مصيرية قال إنها تهدف لمنع التوظيف السياسي الحزبي أو المذهبي أو الطائفي للمنبر أو للمسجد، من بينها "منع إقامة صلاة الجمعة في الزوايا التي تقل مساحتها عن ثمانين مترا، ومنع غير الأزهرين من الخطابة في المساجد الحكومية والأهلية، ثم توحيد خطبة الجمعة في جميع مساجد مصر استنادًا على أن الوزارة مسئولة عن إقامة الشعائر الدينية وحذرت من ضم أي مسجد تابع لأي جمعية لا يلتزم بهذا القرار ومحاسبة الأئمة والخطباء غير الملتزمين. نتيجة السياسة الجديدة الذي اتبعها "جمعة"، استبعدت الوزارة نحو 12 ألف إمام وخطيب من المساجد ضمن مساعيها للسيطرة على الخطاب الديني وفق تقديرات وكالة أنباء الأسوشيتد برس. أثارت هذه القرارات، ولا سيما قرار توحيد الخطبة، استهجان البعض، واعتبرها محمود مزروعة رئيس جبهة علماء الأزهر ومنير جمعة عضو الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين نوعًا من "التأميم والتكميم" للدعوة الإسلامية على المنابر. خدمة النظام اعتاد "جمعة" خدمة نظام 3 يوليو، بكل ما يمتلك من قرارات وتصريحات، فكان لا يخلو مؤتمرا ولا لقاء إلا وأبدى خلاله محاسن النظام بزعامة الرئيس السيسي، في الوقت ذاته كان يغض فيه الطرف عن مساوئ ذات النظام، ويكيل الاتهامات لجماعة الإخوان التي ينعتها دائما ب"الإرهابية". كما دأب على "جمعة" على الفخر بما فعلته وزاراته تجاه الجماعة فذكر أن سياسة الوزارة تتجه نحو تجفيف منابع عناصر جماعة الإخوان الإرهابية والسلفيين ومنع محاولة سيطرتهم على المنابر أو مراكز الدعوة الإسلامية ومصادرة الكتب التي تدعو لفكرهم وضبط العمل الدعوى وفق المنهج الوسطى بعيدا عن التشدد، فكان ذلك بمثابة تشجيع "لمحرقة كتب" جديدة في المدارس. "والله كنت أحب هذا الرجل، والآن بعدما أصبح وزيرًا هو أبغض الناس إلي".. كانت هذه شهادة من أحد المصلين الذين اعتادوا أن يستمعوا لخطبته يوم الجمعة في مسجد الاستقامة بالجيزة". تورط جمعة مؤخرًا تواترت الأنباء عن تورط "مختار جمعة" في قضايا الفساد والرشوة، مع عدد من الوزراء والمسئولين في الدولة، والتي على إثرها ترددت شائعات منعه من السفر، وسحب رئاسة بعثة الحج الرسمية لهذا العام منه، لاسيما عقب القبض على وزير الزراعة، صلاح الدين هلال. عقب هذا الأمر خرج "جمعة" متوتراً ليعلن براءته من قضية الفساد الكبرى بوزارة الزراعة حالفًا "أقسم بالله كل ما يقال عنى غير صحيح، وتشويه متعمد لن أسكت عليه"، يزداد انفعال الوزير ويكمل بصوت غاضب: "أنا بلغت رئيس الوزراء لو ما قعدناش باحترامنا مش عاوزين الوزارة بلاش تجريس وتشويه" تصريحات الوزير لم تُنهِ حالة الجدل المثارة حوله فى أروقة وزارته وخارجها، خاصة وسائل الإعلام، حتى وصل الأمر لوجود تشديدات أمنية أمام مكتب الوزير. لكن القلق المتكرر دفع وزير الأوقاف إلى الاتصال بوزير العدل المستشار أحمد الزند ليطمئن على سلامة وضعه القانونى، ومدى حقيقة منعه من السفر. "جمعة" والمتورطون عرف "جمعة" بعلاقاته الجيدة مع المتورطين في قضايا الفساد، أثبت ذلك الصور الشخصية التي تجمعه مع محمد فوده،- الملقي عليه القبض في ذات القضية-، وعدد آخر من المتورطين في القضايا ذاتها. وكان جمعة، التقي قبل أسابيع فودة، للتوسط لديه لتجديد عدد من مساجد زفتى بمحافظة الغربية، وبعد اللقاء أصدر الوزير بيان شكر وتقدير لفودة وصفه فيه بأنه إعلامي محترم وصاحب رؤيته. لكن سريعا ما حذفت الأوقاف، البيان الذي أصدره الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، لمحمد فودة، عقب إلقاء القبض عليه لاتهامه في قضية الاستيلاء على أراضي الدولة. وكنوع من لفت الأنظار عنه خرج جمعة سريعًا ليرشح الرئيس عبدالفتاح السيسي، لنيل جائزة نوبل للسلام قائلاً: إن ذلك "بعض ما يستحقه عن جدارة"؛ لأنه أنقذ بلاده من خطر الإرهاب المحدق، إضافة إلى عمله الدءوب على كل ما يحقق سلام المنطقة والعالم ويخدم الإنسانية ويحقق لها الأمن والأمان، والقضاء على الإرهاب. وأوضح الوزير فى بيانه الذي جاء في اليوم التالي للحديث عن تورطه في قضايا فساد، أن ترشيح لهذا اللقب شرف يفخر به كل مصرى، حيث استطاع الرئيس بفضل توفيق الله(عز وجل) له أن يحظى بثقة وتقدير زعماء العالم وشرفائه وكل القوى المحبة للسلام اللافظة للعنف والإرهاب، لما يتمتع به من الثقة فى الله(عز وجل) والثقة فى النفس والشجاعة فى الحق.. معربا عن أمله فى أن يوفقه ويسدد خطاه- حسب قوله. وفى سياق مخالف لما يذكره قال الوزير، إنه لن يرهبه ما تقوم به جماعة الإخوان الإرهابية أو أى إرهاب مسلح أو التهديد بالاغتيال ولن يعيق مسيرة الوزارة الوطنية للتصدى للأفكار المتشددة، ما اعتبره البعض محاولة منه للفت الأنظار عنه، وسعيًا لإيجاد شماعة لقضايا فساده. يقول عنه الدكتور عطية عدلان، الأكاديمي المصري، والمتخصص بالسياسة الشرعية، إن وزير الأوقاف مجرم في حق دينه ووطنه بعدما قبل العمل كوزير في حكومة 3 يوليو، مضيفًا أنه صامت على إهدار مقاصد الدين كلها، وانتهاك الحرمات، ورضي بمارس القمع ومصادرة الحقوق ومنع الشرفاء من اعتلاء المنابر.