اتهم نشطاء حقوقيون الكنيسة المصرية بمحاولة تحويل مصر إلى دولة طائفية تشابه الوضع اللبنانى، بعد أن رصدوا عددًا من أتوبيسات النقل الجماعى التى تقوم بنقل مئات الأقباط لتوصيلهم إلى المقار الانتخابية، وأكدوا أن ما حدث هو عمليات منظمة ودفع للأقباط للانتخابات للتصويت على نظام طائفى وليس على نظام الأفضل. وقال محمد خليفة ناشط حقوقى إنه تم رصد لرجال دين مسيحى بقيامهم بتوفير باصات أمام الكنائس فى شارع شبرا، وأمام الكنيسة المرقسية بالعباسية ويحملون وجبات جافة وقال إن الناخبين أمام اللجان فوجئوا بهذا المشهد بدخول مئات الأقباط بطريقة منظمة، مما يؤكد دور الكنيسة فى الدفع بهؤلاء الأقباط للتصويت على نظام طائفى. وأكد أن دفع الأقباط بهذه الصورة فى أول انتخابات برلمانية بعد الثورة يظهر الكنيسة بصورة طائفية، ويزيد من حالة الاحتقان فى مصر وتفريق أبناء الوطن الواحد، وهو مايؤكد القوائم التى تم إطلاقها من الكنيسة لكل الإبراشيات والكنائس فى كل أنحاء الجمهورية لتكون استرشادية للأقباط فى الاختيار. فيما رفض الناشط القبطى، نجيب جبرائيل فكرة أن يكون هناك تدخلات من جانب الكنيسة، وقال إن مقولة البابا شنودة إن مصلحة الوطن أهم شىء والاختيار يجب أن يكون للشخص القادر على أن ينفع وطنه وإن اختيار المسلم النافع أفضل من اختيار القبطى الذى لا يقدم شيئًا.