بعد عزل الرئيس الأسبق محمد مرسي وتولي الرئيس عبد الفتاح السيسي طرأت تغييرات كثيرة في بعض فتاوى وتصريحات بعض شيوخ السلفية، مما ووصفه البعض بالتذبذب أو ركوب الموجة، بعض هذه الفتاوى تقبلها كثيرون وبعضها آثار غضبهم وأدى إلى موجة من الانتقادات نالت قائليها، فبعد عدة أيام من عزل مرسي، أفتى محمد عبدالمقصود، نائب رئيس الهيئة الشرعية، بضرورة مساندة الرئيس مرسي، باعتباره الرئيس الشرعي للبلاد، وقال "حرام على مصر أن تفعل هذا لا يمكن أن يحدث بعد هذا سوى غضب الله"، معتبرًا أن المظاهرات فرض عين على كل مسلم، والاعتكاف في بيت الله والذهاب لأداء العمرة في بيت الله الحرام سنة، أما الاعتصام في ميدان رابعة العدوية فهو فرض. وعند إجراء الانتخابات الرئاسية وبعد وجود مؤشرات أولية لفوز الرئيس عبد الفتاح السيسي قال الدكتور ياسر برهامي -نائب رئيس الدعوة السلفية- إنه لا يجوز شرعا الخروج على السيسي لأن شرعية السيسي، مستمدة من الصناديق، ولا يجوز شرعًا الخروج عليه وإسقاطه إلا بالصناديق قائلا: "السيسي قادر على إعادة الأمن والاستقرار داخل البلاد، بعكس الرئيس المعزول محمد مرسي"، مشيرا إلى أن وضع المشير مختلف تمامًا عن مرسي لأن الأخير لم يكن رئيسًا لكل المصريين، وتسبب في انقسام الدولة، بحسب رأيه. وكان برهامي قد قال من قبل: إن الرئيس محمد مرسي، ليس خليفة المسلمين، وصفته "حاكم دولة مسلمة"، لذلك يجوز انتقاده ومعارضته. من جانبه وتعليقا على فتاوى برهامي، قال الدكتور خالد سعيد، المتحدث باسم الجبهة السلفية، إن الدكتور ياسر برهامي يتخبط من خلال إصداره لفتاوى سياسية تفتقد للتأصيل الشرعي، وهذا ما جعل كثيرًا من قواعد السلفية بالمحافظات بمن فيهم أعضاء حزب النور يخالفون تلك الفتاوى، حينما أيقنوا أنها ليست خالصة لوجه الله، حسب تعبيره. وقال سعيد إن بركان الغضب السلفي ضد برهامي انفجر عدة مرات منذ انقلابه على الشرعية وتأييده لما أسماه ب"الانقلاب"، فمثلا نجده صمت على المجازر، وانتفض غضبًا ل"هاشتاج السيسي"، حيث طالب بتطبيق حد القذف على مروجي "الهاشتاج" الذي دشنه الشباب ضد عبد الفتاح السيسي، مع أنها فتوى سياسية بامتياز، ولم ينتفض لقتل الآلاف العزّل في الشوارع أو قتل الأبرياء في المظاهرات أو المداهمات الأمنية لبيوت الأبرياء. وقبل أن يتوجه المصريون للتصويت على دستور 2014، الشيخ محمد حسين يعقوب أفتى بحرمة تأييده، وقال "أرى أن هذا الدستور باطل دعت إليه سلطة باطلة، وقامت بإعداده لجنة باطلة، وجاءت نصوصه لتكرس للباطل، فأنا أدعو المصريين في الداخل والخارج إلى مقاطعة هذا الدستور، وأفتى بحرمة المشاركة فيه، أو في المساهمة في كل ما يقوي شوكة ما أسماهم الانقلابيين أو يثبت أركان حكمهم". واعتبر يعقوب أن دستور 2014 يرسخ أقدام العلمانية ويقضى على الهوية الإسلامية. في السياق نفسه، أكد الشيخ محمد حسان أن الخروج على السيسي حرام شرعًا ومظاهرات الجبهة السلفية آثمة ووافقه في الفتوى الداعية السلفي مصطفى العدوي، الذي قال أيضًا إن الخروج على السيسي حرام شرعًا ومظاهرات 28 نوفمبر مفاسدها اكبر من نفعها. رافضًا العصيان المدني، قال الشيخ محمد سعيد رسلان، أحد كبار شيوخ السلفية، إن الخروج على ولاة الأمور حرام شرعًا، مشيرًا إلى أنه لا يجوز الخروج على الحاكم المسلم ولو بالكلمة، فليس من دين الله في شىء ولو ضرب ظهرك وأخذ مالك، داعيًا المصريين للاستقرار والعمل للبناء لأن مصلحة الأمة في استقرارها والبعد عن الفتن، وعليهم الابتعاد عن العصيان المدنى الذي يسعى لقلقلة القواعد الشعبية للتظاهر على الحكام، وليتقوا ربهم، حتى تستقيم أحوال العباد. واصفًا السيسي بأمير المؤمنين، حرّم الشيخ محمود لطفى عامر، رئيس جماعة أنصار السنة بدمنهور، الخروج على الحاكم المسلم، وقال: "الخروج في الإسلام لا يجوز إلا في حالتين، الأولى أن يرتد الحاكم على الإسلام، أو يمنع إقامة الصلاة، وهاتان الحالتان ليستا متوافرتين في عبدالفتاح السيسى، كما أنه حاكم متغلب بالشوكة، وهناك بيعة واجبة شرعًا وعقلًا على المصريين للمشير السيسى". وأضاف: عليهم مبايعته سواء أحبوا ذلك أو كرهوه، فليس هناك حاكم عليه إجماع، فهو أمير للمؤمنين ورئيس للدولة، وتحت إمرته شوكة وقوة متمثلة في القوات المسلحة وجهاز الشرطة في الدولة، ولا يجوز لأحد الخروج على ولى الأمر، وعليه أن يواجههم بالسلاح إذا خرجوا عليه بالسلاح، ورفض عامر دعوات الإخوان للعصيان المدني. حتى لو وصل للحكم بالقهر والغلبة دون بيعة يجب السمع والطاعة للحاكم لأن الشرع يحرم الخروج عليه بشرط أن يعدل بين الرعية ويقيم شرع الله، هذه فتوى محمد فرحات، الأمين العام للجبهة الإسلامية، الذي أشار إلى أنه لا يجوز الخروج على الرئيس السيسى ولكن يجب مراقبته أثناء أداء مهمته، كما يجب على الرئيس أن يتعامل بجدية مع ملفات الأمن والحريات والتوزيع العادل للثروة والاستقلال الوطني. في سياق مختلف، أفتى الشيخ وجدي غنيم، في فيديو منشور على صفحته بتكفير السيسي، وقال: "بعد تجميعي للمعلومات ودراستي لها فقهيا وشرعيا، أستطيع أن أعلن أن عبدالفتاح السيسي الخائن مرتد عن الإسلام وكافر".