انتقد نشطاء إسلاميون، ما وصفوه ب "البطء الشديد" من جانب المجلس الأعلى للقوات المسلحة في التجاوب مع مطالب الثورة المصرية والإسراع بتنفيذ استحقاقات المرحلة الانتقالية لتسليم السلطة إلى المدنيين، مبدين رفضهم التام لأي محاولات لإطالة أمد الفترة الانتقالية. وأكد الدكتور أسامة رشدي القيادي السابق ب "الجماعة الإسلامية"، ومؤسس "جبهة إنقاذ مصر"، أهمية قيام المجلس العسكري بتسليم السلطة لحكومة منتخبة يمكن أن تخضع للمحاسبة، مبديًا رفضه التام لأية مساع لمحاولة لإطالة أمد المرحلة الانتقالية، في ظل المخاوف التي تنتاب القوى السياسية من استمرار المجلس في السلطة حتى نهاية العام المقبل. غير أنه في الوقت ذاته تحفظ بشدة علي المساعي لتطبيق قانون "العزل السياسي" الذي يهدف لمنع ترشح أعضاء الحزب "الوطني" إلى الانتخابات القادمة، محذرا من تكرار تجربة اجتثاث حزب "البعث" في العراق، معربًا عن مخاوفه بأن يؤدي ذلك إلى إشاعة أجواء من الجدل القانوني والطعن في مدي دستورية القانون. مع ذلك أبدى رشدي الذي عاش لسنوات طويلة في بريطانيا قبل أن يعود إلى مصر قبل شهور تفهمه لحالة القلق الشديدة التي تسود جموع الشعب المصري لاسيما أنه لم ير أي ثمار للثورة حتى الآن، فضلا عن عجزه عن تفسير تباطؤ المجلس الأعلى مع طموحات وأمال المصريين. في حين أرجع الدكتور أحمد حسين عجيزة القيادي السابق بتنظيم "الجهاد" والداعم ل "الائتلاف الإسلامي الحر"، موقف المجلس الأعلى للقوات المسلحة من الثورة المصرية ومطالبها المشروعة إلى عدم توصيف للحالية الثورية توصيفا موضوعيا انطلاقا من الخلفية المحافظة للمؤسسة العسكرية في حين أن الحالة الثورية كانت تتطلب ثقافة شبابية وصريحة. وقال إن المجلس الأعلى للقوات المسلحة لا يزال يتعامل بمنطق النظام السابق تجاه الأوضاع في مصر عبر إلقاء التهم، وهو الأمر الذي سيمنح طوق نجاة لمن اندلعت الثورة من أجل الإطاحة بهم من رموز النظام السابق. وحذر من خطورة الأداء المتباطئ للمجلس العسكري ومن أن حالة الضبابية السياسية قد تدفع شباب الثورة للعودة للميدان مجددا، خاصة مع اقتراب الذكرى الأولي لثورة الخامس والعشرين من يناير وهو أمر يمكن للمجلس أن يتفاداه بالتجاوب السريع مع مطالب شباب الثورة.