يبدو أن الحل الذي جرى التوصل إليه بشأن الكنيسة مثار الجدل بمنطقة عين شمس لم يكن مقنعًا للبعض، وهو ما يخشى معه من تجدد أزمة حول الكنيسة التي كانت في الأصل مصنع للملابس الداخلية، بعد الاتفاق خلال جلسة عرفية على فتحها بعد الحصول على التراخيص اللازمة. فقد دعت حركة "العدالة والمساواة المصرية" – المهتمة بالشأن الديني - التي تتخذ من عين شمس مقرًا لها، الكنيسة إلى عدم التمسك بتحويل مصنع "الملابس الداخلية" المقام على 1200 متر إلى كنيسة، نظرًا لعدم حاجة الأقباط البالغ عددهم عُشر المسلمين لكنيسة جديدة بالمنطقة، وأصدرت بيانًا قالت فيه " فوجئ أهالي منطقة عرب الطوايلة بعين شمس الغربية الخميس الماضي بمصنع للملابس مكون من خمسة طوابق يُرفع فوقه صليب ويعلق عليه أجراس ضخمة. وكان قد أثيرت حول نفس المصنع مشاكل في عام 2008م لرفض أهالي المنطقة تحويله لكنيسة وحينها تعهد الأنبا شنودة بأن المبنى مجمع للخدمات فقط ولن يحول إلى كنيسة وكان صاحب المصنع المتنازع عليه تعرض لأزمة مالية دفعته لبيعه لأحد النصارى الذي قام بوضعه تحت تصرف إدارة الكنيسة التي أرادت تحويله إلى كنيسة واعترض وقتها أهالي المنطقة، فاشتبك الأقباط مع مسلمي المنطقة وكان بحوزتهم أسلحة نارية والجيش ألقى القبض على ثلاثة منهم بحوزتهم أسلحة ثم أفرج عنهم وبعضهم قاموا بقذف طوب وزجاجات على أهالي المنطقة بالإضافة لاستدعاء مجموعات من المعتصمين أمام ماسبيرو. وقد حدثت جلسة عرفية بين ممثلين من الأزهر والكنيسة المصرية وأهالي عين شمس وقيادات أمنية وافق فيها المشاركون على غلق المصنع وترك الأمر لمجلس الوزراء والمجلس العسكري لحسمه، واعترضت عائلات عرب الطوايلة على تحويل المصنع لكنيسة لعدم وجود تراخيص ولكون المصنع ملاصق لمسجد وفي منطقة مكتظة بالمسلمين ويُندر فيها وجود مسيحيين والحالة الأمنية في المنطقة لا تسمح ببناء كنيسة في مواجهة مسجد خاصة وأن أهالي المنطقة من المسلمين والنصارى ذوى مستويات وعى بسيط علما بان الفترة الماضية تم فتح كنائس كثيرة على مستوى مصر منها كنيستين ببني مزار في المنيا وصدفا في أسيوط ولم يعترض أحد، وقد عرضنا عدة حلول للمشكلة كتحويل مبنى المصنع لدار خدمات أو مركز طبي أو مركز لمحو الأمية والدروس الخصوصية أو بيعه لأهالي المنطقة وتشترى إدارة الكنيسة أرضا أخرى تبعد عن المنطقة منعا للفتنة لكن كل تلك الحلول وجدت رفضا تاما وتعنتا وعنادا من الجانب المسيحي مما أدى لتفجير الأزمة من جديد". لكن أشرف ادوارد محامى كنيسة العذراء والأنبا إبرام بعين شمس الغربية رفض تلك المبادرة، وأكد أنه بصدد تجهيز ملف الكنيسة لتقديمه إلى المجلس العسكري ومجلس الوزراء ووزير الداخلية، إثر الاتفاق في جلسة الصلح العرفية مع كبار العائلات في المنطقة على ترك الأمر للقضاء. وأشار إلى عدم تراجع الأقباط عن إقامة الشعائر بالكنيسة بكامل هيئتها متمثلة في القبة والصليب. من جهة أخرى، تظاهر أمس الأول عشرات من الأقباط أمام مقر السفارة المصرية في العاصمة البريطانية لندن مطالبين بمحاكمة المتسببين في حرق الكنائس في مصر، ورفع المتظاهرون شعارات تقول "مصر لكل المصريين" و "الإيمان والدين لله ومصر لكل المصريين" و"العدالة للجميع" و"حرية العبادة للجميع".