انتقد مثقفون إسلاميون تصريحات الدكتور محمود حمدي زقزوق وزير الأوقاف التي أكد فيها أنه يوافق على إقامة مساجد للشيعة في مصر ، وأنه لا فرق بين المسلم السني والمسلم الشيعي مطلقا ، وأن الخلافات بين الطرفين مجرد خلافات سياسية بحته. واعتبر المفكر الإسلامي الدكتور محمد يحيي أن تصريحات وزير الأوقاف تناقض نفسها ، فكيف يوافق على إنشاء مساجد للشيعة وفي نفس الوقت ينكر عدم وجود خلافات أو فروق بين المسلم السني والشيعي مشيرا إلي وجود العديد من الخلافات العقائدية بين الطرفين وأن هذه التصريحات سياسية وليست دينية. من جانبه ، أكد الدكتور طه خضير أستاذ العقيدة والفلسفة أن إبراز الخلافات العقائدية بين الطرفين هي تأليه أهل المذهب الشيعي لسيدنا علي رضي الله عنه وطعنهم في العديد من الصحابة الإجلاء الكبار وعلى رأسهم عمر بن الخطاب وأبو بكر الصديق. وأشار الدكتور أحمد عبد الرحمن المفكر الإسلامي المعروف إلى أن تصريحات وزير الأوقاف عن عدم وجود فرق بين السني والشيعي تعد مخالفة للواقع ، حيث هناك العديد من الاختلافات المذهبية وأبرزها يتركز حول المرجعية فأقوال أهل البيت مصدر للتشريع عند أهل المذهب الشيعي تماثل أحاديث الرسول صلي الله عليه وسلم والإمامة عندهم عقدية ، أما عند أهل السنة فهي فرع ، وتساءل : فكيف لا توجد هناك خلافات دينية ؟!.