أدان الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين ما أقدمت عليه الحكومة المصرية المؤقتة من تصنيف جماعة الإخوان المسلمين جماعة إرهابية. وذلك لتسويغ مصادرة أموال الجماعة وإدانة المنتسبين إليها، للتأثير على مستقبلها السياسي، مشيرًا إلى أن الحكومة الانقلابية تدفع المجتمع إلى الفتنة الداخلية. كما انتقد الاتحاد، في بيان له، تجميد أكثر من ألف جمعية خيرية وقرآنية، ومصادرة أموالها، مشيرًا إلى أن هذه الخطوة سبقها من انقلاب على الشرعية، وقتل على الهوية، وحبس بالجملة ومصادرة الحريات، استهانة بكرامة الشعب المصري، وتعدياً على كل الحقوق والقيم التي أقرّتها الشرائع، وتوافق عليها عقلاء البشر في المواثيق والاتفاقيات الدولية. وأكد الاتحاد أن محاولة إلصاق صفة الإرهاب بجماعة الإخوان المسلمين لن تنطلي على أحد، وقد فشلت الأنظمة المتعاقبة في تسويقها؛ بل تأكد للناس أن هذه الأنظمة الانقلابية الدكتاتورية هي الإرهابية، وقد عرف الناس جماعة الإخوان المسلمين في السراء والضراء، ومنحوها ثقتهم في صناديق الاقتراع في كل الانتخابات الحرة التشريعية والرئاسية وغيرها. وأشار الاتحاد إلى أن جماعة الإخوان لو كانت إرهابية، تنتهج العنف ، وتحرض عليه، لاستخدموا العنف ومارسوا الإرهاب، وهم يشاهدون أتباعهم، وفلذات أكبادهم يقتلون بوحشية في مجازر الحرس والجمهوري والمنصة ورابعة العدوية والنهضة، وما بعدها، ولمارسوا العنف والإرهاب وقياداتهم يزج بها في السجون، ويعتدى على نسائهم وشبابهم، ولكنه الفشل والعجز، اللذان يدفعان بحكومة الانقلاب للتصرف بلا وعي أو مصداقية. ودعا الاتحاد كل المنظمات والهيئات المناضلة من أجل حقوق الإنسان وكرامته وحريته وكل الدول والأحزاب المحبة للسلام إلى استنكار هذا الإجراء ورفضه كغيره من تصرفات الحكومة الانقلابية في مصر. ورأى الاتحاد أن هذا الإجراء يسعى لسد أبواب الحل السلمي، ولذا فهو يهيب بكل القوى الإسلامية والوطنية في مصر، إلى رفض هذا القرار بكل الوسائل الممكنة حرصًا على مستقبل مصر وأمنها وسلامتها. ودعا الاتحاد كل القوى الإسلامية والوطنية المناهضة للانقلاب إلى الحرص على سلمية النضال، والبعد عن كل مظاهر العنف والتطرف، والفتنة الداخلية التي تحاول الحكومة الانقلابية دفع المجتمع إليها.