أعربت الجماعة الإسلامية وذراعها السياسية حزب البناء والتنمية، عن بالغ قلقهما وإدانتهما من التسريبات التي تخرج يوميًا من لجنة الخمسين، لا سيما تلك التسريبات المتعلقة بمحاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية، وتحديد نسبة معينة لتمثيل الأقباط والنساء فيما يعرف بنظام "الكوتة". واعتبرت الجماعة في بيان لها أن هذه التسريبات بداية لتفتيت الدولة وتقسيمها وإهدار لإجراءات العدالة وضماناتها وانتهاك لحقوق المواطنين وحرياتهم والإمعان فى قمعهم والاعتداء على كرامتهم. وأكدت أن مادة المحاكمات العسكرية فى الدستور المقترح كفيلة وحدها لإحالة عشرات الآلاف من المصريين لمحاكم عسكرية استثنائية جائرة تصدر أحكامًا بالسجن بل الإعدام بأوامر عسكرية ممنهجة، مشيرة إلى أنه على الرغم من أن القاعدة المنصوص عليها فى المادة: "عدم جواز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري" فإنها فتحت فى ذات الوقت الباب واسعًا فى صياغة غامضة فضفاضة أمام استثناءات لو طبقت لقضت على أصل القاعدة. وتابعت: من حيث المكان تنص على استثناء "الجرائم التي تمثل اعتداءً مباشرًا على منشآت القوات العسكرية أو معسكراتها" ثم تفتح الباب على مصراعيه لتعميم العديد من الأماكن "أو ما فى حكمها" حيث يمكن بناء على هذا الاستدراك أن يتم التوسع بشكل مبالغ فيه وإدخال أماكن عديدة تدخل فى لفظة ما فى حكمها. وقالت: ثم تستكمل المادة وتستثنى "المناطق العسكرية"، ونفاجئ أنها تستطرد فى توسعها المشئوم "أو المناطق الحدودية المقررة" لتدخل فيها جميع المحافظات الحدودية. وأشارت الجماعة إلى التوسع المذموم فيما يخص الأدوات العسكرية فتفصل "أو معداتها أو مركباتها أو أسلحتها أو ذخائرها".. ثم يأتي التوسع الآخر فى "الوثائق أو الأسرار العسكرية" دون توضيح لماهية تلك الأسرار أو الوثائق العسكرية. وأوضحت أن المادة تختم بعد ذلك على استثناءات لو طبقت لسيق آلاف المدنيين إلى المحاكم العسكرية حيث تنص على: "أو الجرائم التى تمثل اعتداءً مباشرًا على ضباطها أو أفرادها بسبب تأدية أعمال وظيفتهم"، وعليه فإن أى مواطن مدني يدخل فى نزاع أو مشكلة مع أى عسكري فى أى شارع أو ميدان، فى أى مظاهرة أو مسيرة ، فى أى مدرسة أو جامعة فسوف يحال للقضاء العسكري. وقالت إنه فيما يتعلق بنظام الكوتة المخصصة للأقباط والمرأة فى الدستور المقترح ففضلا عن عدم اتساقه وتعارضه مع القواعد والمبادئ الدستورية المستقرة كمبادئ المساواة والعدالة وتكافؤ الفرص وقيامه على التمييز غير الإيجابي فإنها تهدد كيان المجتمع وأمنه واستقراره وتعتبر الخطوة الأولى نحو تقسيمه وتفتيته، حيث تفتح الباب للانقسام والصراع السياسي وتؤصل لبناء المؤسسات التشريعية "البرلمان" والتنفيذية "الحكومة" على التقسيم الدينى بما يشعل حالة الاحتقان الطائفي، مما يؤدى إلى ضياع فكرة الدولة الموحدة. وأكدت الجماعة الإسلامية أن التمثيل العادل للأقباط فى مؤسسات الدولة وهيئاتها أمر يجب مراعاته واعتباره ولكن يبقى البحث فى الوسيلة المناسبة والملائمة لتحقيق ذلك وليس بوسائل تعقد الأزمة وتؤدى إلى مزيد من الصراع والانقسام والفوضى التى تؤثر على سلامة المجتمع وكيانه.