حمل الكاتب والروائي علاء الأسواني جماعة الإخوان المسلمين مسئولية التعدي على الكنائس والأقباط . وفي مقال له نشرته صحيفة "نيويورك تايمز"الأمريكية في 11 نوفمبر, قال الأسواني إنه رغم إعلان الجماعة المستمر نبذها للعنف, إلا أنه لا يصدق هذا, معتبراً أنها دائما ما تتبنى وجهات العنف بكافة صوره. وأضاف " حسني مبارك كان ديكتاتوراً بكل ما تحمله الكلمة من معنى ، وما لبث الرئيس المعزول محمد مرسي أن صعد سلم الحكم حتى صار على شاكلة مبارك، وأصبح (الديكتاتور العنيف)". وتابع" الدولة لازالت تحارب الجماعة الإرهابية, ما يحدث في مصر يتجاوز الخلاف السياسي"، وأثنى بشدة على الجيش المصري، قائلا :" في الوقت الذي اقتربت فيه مصر من حرب أهلية، انحاز الجيش للإرادة الشعبية ، وتم عزل مرسي , وأعلن الجيش عن خارطة طريق لتعديل الدستور وإجراء انتخابات برلمانية ورئاسية جديدة" . وكانت صحيفة "الجارديان" البريطانية هاجمت في وقت سابق علاء الأسواني, وأكدت أنه يناقض نفسه بدعمه "حملة القمع" ضد مؤيدي الرئيس المعزول محمد مرسي. وأضافت الصحيفة في تقرير لها في 30 أكتوبر أن الأسواني, وهو واحد من الأصوات المحسوبة على التيار الليبرالي في مصر، حاول من خلال روايته "عمارة يعقوبيان" أن يثبت أن القهر والعنف هو صانع "الإرهاب"، ورغم ذلك يشجع حاليا حملة القمع ضد أنصار مرسي، ويبرز رضاه الكامل عن أسلوب التعامل في فض اعتصامي "رابعة العدوية والنهضة". وتابعت "حال الأسواني هو الحال الذي بات عليه الكثيرون من ليبراليي مصر ، والذين تغيرت مواقفهم وآرائهم فقط لدعم السلطة الحالية". وكان الأسواني برر دعمه لقمع أنصار مرسي, بالقول :" نحب في حالة حرب ، وجماعة الإخوان المسلمين لا تدعم الديمقراطية ، إنما هى جماعة إرهابية فاشية ". يذكر أن عشرات المصريين المقيمين في فرنسا قاموا في 16 أكتوبر بطرد الأسواني، أثناء ندوة أقيمت له بمعهد العالم العربى بباريس، كان ينوي فيها التحدث عن مشواره الأدبى، وأهم محطات حياته، وتحليل لرواياته وقصصه. وأثناء الندوة, تعالت أصوات بعض الحضور ضد الأسوانى لاتهامه بدعم "الانقلاب العسكري"، وتعالت الأصوات بعدها بضرورة طرده من خارج القاعة، ورفض الأسوانى مغادرة المكان، فصعد عدد من الحاضرين على المنصة، وتدخل البعض لمحاولة إنقاذ الموقف، واضطر الأسواني بعدها لمغادرة القاعة، وارتفعت صيحات الحضور بالهتافات المنددة ب"الانقلاب العسكري" وب "المجارز الدموية" ضد المعتصمين السلميين في رابعة العدوية والنهضة.