استنكر "الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين"، محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسي، والتي اعتبرها محاكمة لإرادة الشعب، محملاً "السلطات الانقلابية في مصر المسؤولية الكاملة عن سلامته"، مناشدًا الرأي العام العربي والإسلامي والعالمي، والمنظمات الحقوقية الوقوف إلى جانب الشرعية. وقال الاتحاد في بيان أرسل إلى "المصريون" نسخة منه، إنه "لأول مرة فى تاريخ مصر يقدم للمحاكمة رئيس شرعي انتخبه الشعب بإرادة حرة، بعد أن اختطفه الانقلابيون لشهور عجاف، كما اختطفوا وقتلوا الآلاف، من رافضي الانقلاب على إرادة الشعب، المدافعين عن الشرعية والحرية والكرامة، ومكتسبات ثورة 25 يناير المجيدة". واعتبر أن ما أقدم عليه الانقلابيون في مصر، هو "تعد على الشرعية الانتخابية والمؤسسات الدستورية، وانتهاك حرمات الشعب المصري الكريم: في أرواحه، وحرياته، ومقدساته". ودعا الشعب المصرى إلى النزول فى شوارع مصر وساحاتها، ومدنها وأريافها، مع الحفاظ على سلمية الحراك، "استنكارًا لما أقدم عليه الانقلابيون من انتهاك حرمة جامعة الأزهر والجامعات المصرية الأخرى، واعتقال حرائر مصر، من الفتيات والطالبات، وأخيرًا السعي لمحاكمة الرئيس المصرى المنتخب، الذى يمثل الشرعية الدستورية، والإرادة الحرة للشعب المصري". وحث الاتحاد في بيانه الذي حمل توقيع رئيسه الدكتور يوسف القرضاوي، "الانقلابيين من ضباط الجيش المصرى وأعوانهم من المدنيين والإعلاميين إلى الرجوع إلى الحق، وإعادة الشرعية والمؤسسات الدستورية، التى انتخبها الشعب، بعدما بذل فى ثورة الخامس والعشرين من يناير وما قبلها، من تضحيات بأرواح أبنائه الطاهرة، ودمائهم الزكية، لينال حريته، ويسترد كرامته". كما دعا "كل أبناء شعب مصر الكريم الشرفاء إلى الوقوف صفًا واحدًا، والاستمرار فى تصعيد المقاومة السلمية، حتى تعود حقوقه المختطفة، وذلك بعودة الشرعية الدستورية والانتخابية". وناشد جميع الهيئات والمنظمات الحقوقية: العربية، والإسلامية، والدولية، وكل أحرار العالم وشرفائه إلى "دعم صمود الشعب المصري، من أجل استرجاع شرعيته، والوقوف بحزم في وجه أي تطور جديد يريد الاعتداء على هذه الشرعية، مثل محاكمة الرئيس المصرى المنتخب الدكتور محمد مرسي".