في أحدث حلقات النزاع بين الكنيسة والدولة، طالبت كنيسة القديس أبانوب بمركز سمنود بالغربية بضم قطعة أرض محاورة لها أرض تبلغ مساحتها 180 مترًا للتوسع في مساحة الكنيسة وبناء مبنى جديد لها، بدعوى أنها ملكية خاصة لها، في الوقت الذي ترفض فيه المحافظة التفريط في الأراضي التي تخص مقابر لليهود بمصر قبل ثورة يوليو وتعتبر من الملكيات العامة للدولة. وتقدم عماد صلاح محامي الكنيسة ببلاغ إلي مركز شرطة سمنود اتهم فيه مجلس المدينة بمخالفة القانون، برفضها السماح للكنيسة بضم الأرض المجاورة، كما تقدمت الكنيسة بشكوى للواء عبد الحميد الشناوي محافظ الغربية تطالبه بالتدخل قبل تصعيد المشكلة للبابا شنودة شخصية، وعلى الفور شكل لجنة هندسية وقانونية لبحث الأزمة والكشف عن حقيقة ملكية الأرض. وكانت "المصريون" انفردت في فبراير 2010 بالكشف عن العديد من الحالات التي استولت فيها الكنيسة على أراضي الدولة وتقدر بنحو 5000 فدان، حيث أصدر البابا إنشاء مدينة سكنية قبطية "خالصة" أقرب ل "كومباوند" خاص تمتلكه الكنيسة رسميًا، خصوصًا وأن العديد من تلك الأراضي تقترب من خط العمران. ومن تلك الحالات، الأراضي المحيطة بدير أبو فانا بالمنيا التي حصلت عليها الكنيسة وتقد بحوالي 600 فدان، رغم أنه لا يقيم به أكثر من 40 فردًا تقريبًا، وذلك بأقل مجهود مع تراخ تام من جانب السلطات المعنية لمجرد تهديد البابا بالتصعيد بعد أن أمهل الدولة 48 ساعة وهو يعالج في مقره بالولايات المتحدة وقد كان! وبعد انتهاء المفاوضات ورضوخ الدولة للكنيسة طالبت المطرانية رفع سور الدير لأربعة أمتار وهو ما رفضه آنذاك اللواء أحمد ضياء الدين محافظ المنيا، مؤكدًا أن القانون ينص ألا يتجاوز مترين إلا أنه سرعان ما رضخ لرغبة الكنيسة. وتكررت العديد من الحالات المشابهة، حيث وضع دير الأنبا أنطونيوس الأثري الكائن بمحافظة البحر الأحمر يده علي أكثر من 300 فدان، ولم يتحرك لأحد ساكن، وفي محافظة البحيرة استولى دير وادي النطرون الموجود على 100 فدان ، وفى محافظة الإسكندرية استحوذ دير ديروط وهو أكبر الأديرة على 30 فدان من أراضي الدولة، وفى محافظة المنيا وضعت الكنيسة يدها على حوالي 600 فدان محيطة بالدير وليس لها أوراق رسمية تثبت أحقية الكنيسة فيها. وفى يوليو 2008، قرر الأنبا ميخائيل أسقف أسيوط والمشرف على دير السيدة العذراء إلغاء الاحتفالات السنوية للدير بعدما رفض نبيل العزبي محافظ أسيوط منح الدير 13 فدانًا من أراضي الدولة المتاخمة للدير لبناء بانوراما، حيث عرض المحافظ البناء على نفقة الدولة لتصبح ملكًا للشعب كله وليس لفريق دون آخر، لكنه سرعان ما وافق تلبية منعاً لتصعيد الأمر من جانب الكنيسة. وفى الشهر ذاته أعلن اللواء سعد خليل محافظ مطروح عن تخصيص قطعة أرض بمساحة 4000 فدان لكنيسة مارينا بالعلمين. وقال المحافظ إن قرار التخصيص جاء "بدافع خلق توازن سياسي يفيد الوحدة الوطنية".