رد الشيخ محمد عبد المجيد الشرنوبي شيخ الطريقة الشرنوبية على القرار بإحالته إلى التحقيق في أعقاب طعنه في شرعية 49 من مشايخ الطرق الصوفية بالمطالبة بإحالة الشيخ عبد الهادي القصبي شيخ مشايخ الطرق الصوفية إلى لجنة القيم بالمجلس، بتهمة التورط في التلاعب في محضر اجتماع الجمعية العمومية للمشيخة العامة في اجتماعها يوم 10 أكتوبر عام 2009. وقال الشرنوبي إن القصبي قام بالتلاعب في محضر الاجتماع المذكور، الأمر الذي مهد لصدور القرار الجمهوري في أبريل الماضي بتعيينه شيخا للمشايخ الطرق الصوفية، بعد أن ظل هذا المنصب شاغرًا لنحو عام ونصف منذ وفاة الشيخ أحمد كامل ياسين في 21 نوفمبر 2008. وأوضح أن "التلاعب" من جانب القصبي تمثل في رفع مذكرة للرئاسة بانتهاء النزاع بين المشايخ، وهو ما ترتب عليه صدور القرار بتعيينه رسميًا رئيسًا للمجلس الأعلى للطرق الصوفية، مشيرًا إلى أن بحوزته المستندات التي تؤكد حدوث هذا التلاعب في محضر الجمعية العمومية. ووجه الشرنوبي رسائل إلى مشايخ الصوفية المسئولين عن تنفيذ القانون رقم 118 الخاص بالطرق الصوفية، وقال إن "سارق الجوهرة لا يستطيع أن يتزين بها أو بيعها، وفاقد الشيء لا يعطيه"، وأضاف: "لا يستطيع أحد مواجهتي حيث سأتعامل مع الجميع في الفترة المقبلة بوصفي شيخ حصيرة وليس كشيخ سجادة". وكانت الأزمة بين الشرنوبي والمجلس الأعلى للطرق الصوفية اندلعت في أعقاب طعنه في شرعية 49 من مشايخ الصوفية، ومطالبته بضرورة توفيق أوضاعهم وفقا للقانون 118 الخاص بالطرق الصوفية قبل حلول موعد الانتخابات الموسعة لاختيار مجلس صوفي جديد في يناير القادم. وعلى إثر ذلك، قرر المجلس الأعلى للطرق الصوفية في اجتماعه السبت برئاسة الشيخ عبد الهادي القصبي إحالة الشرنوبي إلى التحقيق، غير أن الأخير نفى تلقيه أية مخاطبات رسمية، وقال إنه لم يحصل على تأكيدات رسمية بهذا الشأن، وأكد أنه لا يوجد أية جهة تستطيع التحقيق معه أو مع أي شيخ من مشايخ الصوفية، لكن يجوز فقط أن يقوم المجلس الصوفي الأعلى باستيضاح أي أمر من الأمور من المشايخ.