رفضت المحكمة الإدارية العليا طعن البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وأيدت حكم محكمة القضاء الإداري (أول درجة) الذي يلزمه بمنح تصريح بالزواج للمرة الثانية لقبطي مطلق، فيما من غير المرجح أن يلتزم بتنفيذ الحكم، بزعم أن ذلك يتنافى مع العقيدة الأرثوذكسية التي لا تسمح بالزواج الثاني في حالات الطلاق إلا لعلة الزنا، أو الوفاة. ويعد الحكم الصادر بجلسة السبت حكما نهائيا وباتا غير قابل للطعن عليه بأي وجه من أوجه التقاضي. وكان مسيحي يدعى هاني وصفي اختصم البابا شنودة في الدعوى التي أقامها وطعن فيها علي رفض الكنيسة الأرثوذكسية إعطاءه تصريحا بالزواج مرة أخري بعد طلاقه من زوجته الأولى وأصدرت محكمة القضاء الإداري حكما لصالحه وقضت بأحقيته في الحصول علي هذا التصريح. إلا أن البابا شنودة طعن على الحكم الذي رفضته المحكمة الإدارية العليا، وقالت في حيثيات حكمها الذي أصدرته برئاسة المستشار محمد الحسيني رئيس مجلس الدولة إن الحق في تكوين الأسرة حق دستوري يعلو فوق كل الاعتبارات وأن المحكمة إذ تحترم المشاعر الدينية غير أنها تحكم وفقا لما قرره القانون، مشيرة إلى أن القاضي لا مفر أمامه إلا تنفيذ ما نص عليه القانون وقواعده. ولا يعتزم البابا شنودة الالتزام بالحكم الصادر ومنح تصريح للمسيحي للمطلق بالزواج، بعد أن صرح في وقت سابق عقب صدور حكم محكمة أول درجة، أن "الحكم الصادر من محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة بإلزام الكنيسة المصرية باستخراج تصريح زواج للمسيحي المطلق من زوجته غير ملزم للكنيسة". وأضاف: "نحن لا يلزمنا إلا تعاليم الإنجيل المقدس وكل ما يخالف الإنجيل لا نستطيع أن نخالف ضمائرنا وننفذه وحكم المحكمة هو حكم مدني وليس كنسيا". ويرفض البابا شنودة الالتزام بلائحة عام 1938 الخاصة بتنظيم الأحوال الشخصية للمسيحيين، قائلا إن هذه اللائحة قررها أشخاص علمانيون ليسوا على دراسة بتعاليم المسيحية كما ينبغي فقرروا أمورا على المستوى الاجتماعي وليس على المستوى التعليم الديني، متعللا بأنه وإن كان قد أصدرها أعضاء المجلس المللي من الباشوات البكوات منذ زمن، لكنها لاقت اعتراضا من رجال الدين ولم يوافق عليها البطريرك في ذلك الوقت لأنه كان هناك صراع بين البطاركة والمجالس المللية. وكان القضاء الإداري استقر على اعتبار المؤسسات الكنسية هيئات عامة منذ سنة 1984 حين حكمت المحكمة العليا باختصاصها بنظر قرار "الفرز"، أي الفصل من عضوية الكنيسة، والذي يعتبر أقسى قرار لما يتضمنه من حرمان المفصول من أية رابطة تربطه بالكنيسة الإنجيلية، أما الأقباط الأرثوذكس فطعونهم في قرارات كنيستهم أقل. وكانت أوائل الأحكام التي صدرت في هذا الصدد حكم محكمة القضاء الإداري عام 1954 في الدعوى التي انتهت فيها المحكمة إلى أن بطركخانة الأقباط الأرثوذكس تعتبر من أشخاص القانون العام، وأن ما يتفرع منها يعتبر هيئات إدارية.
