قال خلف بيومي، الخبير القانوني بجماعة الإخوان المسلمين ومدير مركز الشهاب لحقوق الإنسان، إن التحقيق مع الرئيس المعزول محمد مرسي تحقيق غير محايد وغير شفاف، مضيفًا أنه لو كان التحقيق عادلًا لكان سئل السيسي وطنطاوي ومبارك عن دخول عناصر أجنبية لمصر، حينما كانوا المسئولين عن الأمن والمخابرات الحربية حينها. وتابع: القانون بريء من هذه المحاكمة، والنيابة تعود بالقانون المصري لمدة 40 و50 عامًا كاملة على حد قوله وأضاف: كيف يتم التحقيق مع مرسي دون حضور أي محامٍ ممثلًا عنه، وكذلك لابد أن يكون المتهم المحقق معه في حالة نفسية جيدة، لا أن يتم احتجازه في مكان مجهول ولا يعلم أحد عنه شيئًا. وقال: أظن أن هذه المحاكمات نوع من أنواع المساومات والإرهاب السياسي على مرسي وعلى مؤيديه المعتصمين في الميادين المؤيدة له حتى يساوموهم على فض الاعتصامات. وتوقع بيومي أن يتم تحويل محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسي إلى محاكمة عسكرية حتى لا تقع عليهم اشتراطات المحاكمات المدنية، ولكن هذا يستوجب أيضًا تطبيق حالة الطوارئ حتى يتثنى لهم تحويل المحاكمة لمحاكمة عسكرية. وقال إن المحاكمة برمتها هي مخطط لاغتيال الرئيس محمد مرسي، وأتوقع أن يصل الحكم في هذه القضية إلى الإعدام. وأكد ناصر الحافي، نائب رئيس اللجنة القانونية بحزب الحرية والعدالة وعضو الهيئة العليا، أن محاكمة الرئيس محمد مرسي في تهمة التخابر مع حركة حماس محاكمة هزلية وغير جادة، وربما تكون لها أغراض سياسية من وراء المحاكمة. وأضاف الحافي أن المحاكمة مخالفة لنصوص الدستور والقانون، لأن النائب العام الذي فوض النيابة بمباشرة التحقيقات وجوده في منصبه غير شرعي وهذا لا يعطي للنيابة الشرعية الكافية لمباشرة التحقيق. وأكد أنه يتوقع ألا يتعاطى الرئيس محمد مرسي مع التحقيقات وسيمتنع عن جلسات التحقيق لأنه لا يعترف بمن يحقق معه. وأضاف أن السيسي وطنطاوي ومبارك ومراد موافي، مدير المخابرات آن ذاك، كلهم تمسهم شبهة تورط في قضية "وادي النطرون"، فإذا اتهم مرسي بالتخابر فسوف يتهمون هم أيضًا بالتستر على معلومات تضر بالأمن القومي.