دعت الكنائس المصرية الثلاث الرئيس محمد مرسى، إلى مغادرة منصبه والرحيل من البلاد، موضحة أن هناك اجتماعًا بين جميع الكنائس خلال الساعات المقبلة لإعلان وقوفها بجانب الإرادة الشعبية وتأييدها للجيش. وقال نجيب جبرائيل، مستشار الكنيسة الأرثوذكسية.. إن الكنائس الثلاث ترحب برحيل مرسى مؤكدًا أن بيان القيادة العامة للقوات المسلحة وانحياز الجيش لإرادة الشعب دون النظر إلى فصيل دون غيره أو جماعة بعينها وضع مصلحة الوطن نصب عينيه. وأكد جبرائيل، انتظار الشعب كثيرًا لهذا البيان الذي جاء ليجبر نظامًا فشل في مهامه الداخلية في عام واحد بل أضاع هيبة مصر في الخارج، وأدى إلى سوء علاقات مصر بغيرها من الدول العربية كالسعودية والإمارات، على حد قوله. وأضاف: "أن مرسي أمامه ساعات قليلة بعدها ستنتهي دولة المرشد من على أرض مصر ولن تعود مرة أخرى لأنها إرادة الملايين من الشعب المصري". وأوضح ألبرت لويس، قس بالكنيسة الكاثوليكية أن بيان الجيش محايد للغاية ويدعو الجميع للدخول فى حوار حقيقي حتى يمكن الخروج من الأزمة الحالية، مؤكدًا أن دعوة الجيش للحوار بوجود مهلة قبل إعلان الجيش تدخله لإدارة خارطة الطريق بالطبع هو محاولة من الجيش لوقف نزيف الدم ومحاولة الابتعاد عن أي أفكار متطرفة أو سالبة للحريات. وأضاف لويس أن بيان الجيش مهم للغاية في التوقيت الحالي وأنه على مرسى وكل القوى السياسية الاستماع لهذا الأمر إعلاءً لمصلحة الوطن والتأكيد على رغبتها فى استمرار البلاد دون حدوث أي أضرار عليها كاشفًا النقاب عن وجود اجتماع عاجل للكنائس الثلاث خلال الساعات المقبلة لإعلان موقفها مما يجرى فى الشارع المصرى وإعلان انحيازها لإرادة الشارع المصري بكل قوة والابتعاد عن أي محاولات طائفية ومساندة أي تغيير يحدث فى الشارع طالما بإرادة الشعب وبشكل سلمى. بدوره قال القس صفوت البياضي، المتحدث الرسمي باسم الكنيسة الإنجيلية: "على الشعب انتظار مهلة ال48 ساعة التي منحها الجيش للنظام الحالي لقبول الإرادة الشعبية بتنحي الرئيس وإجراء انتخابات رئاسية مبكرة، ورفض البياضي التعليق على بيان الجيش لأنه جاء غامضًا خاصة في الفقرة الأخيرة منها التي تعبر عن حماية القوات المسلحة للكيانات والمؤسسات القائمة". واستنكر البياضي، دعوات البعض لإجراء استفتاء شعبي حول بقاء الرئيس لأنه حل لن يقدم أو يؤخر شيئًا في وضع وتواجد الملايين المحتشدة في الميادين، وإن كان من حق مؤيدي الرئيس الاعتصام من أجل بقائه فعلي القوات المسلحة التدخل الفوري لمنع الاحتقان الأهلي بين المصريين حتى لا نقع في كارثة الحرب الأهلية. ودعا البياضي إلى عدم إقصاء الإخوان من الحياة السياسية وقال إنهم فصيل وطني بالدرجة الأولى لكنه فشل في إدارة البلاد, حتى وإن كان أداء الإخوان خلال فترة حكمهم قائمًا على إقصاء الآخر، وإسقاط البلاد في دوامة الفشل. ورفض البياضي دعوات الانقلاب العسكري التي يتبناها البعض الآن, حتى لا ننجر إلى دعوات إسقاطهم مرة أخرى. وأكد البياضي الخروج الآمن للإخوان، قائلاً: "لن يتعامل الشعب معهم كما عاملوا وأهانوا النظام السابق".