استبعدت جماعة الإخوان المسلمين إغلاق مقارها في 30 يونيه وإخلاءها أو اللجوء لشركات الحراسة الخاصة، خلال تظاهرات 30 يونيه، مشيرة إلى أنها ستحشد المئات من أعضائها لحماية المقرات. وقال جمال حشمت، عضو مجلس الشورى وعضو الهيئة العليا لحزب الحرية والعدالة، إن الجماعة والحزب هم مَن سيتولان حماية مقراتهما في القاهرة والمحافظات ولن تتم الاستعانة بأي شركات خاصة خلال أحداث 30 يونيه، مؤكدًا أن قيادات الجماعة لن يتركوا منازلهم ومقراتهم، وسيدافعون عنها بكل ما أوتوا من قوة. وأضاف أن تأمين المقرات سيتولاه شباب الجماعة والحزب عن طريق تشكيل لجان شعبية أمام وداخل المقرات لحمايتها من أي أعمال تخريبية. بينما اعتبر عاشور الحلوانى، أمين حزب الحرية والعدالة بالمنوفية، أن تأمين المنشآت العامة والخاصة ومقرات الأحزاب هى مسئولية جهاز الشرطة، مشيرًا إلى أنه فى حالة تخاذل رجال الشرطة عن دورهم المنوط بهم فسوف تقوم الجماعة بتشكيل لجان شعبية من الشباب وأبناء المحافظات لحماية المقرات، مؤكدًا أيضًا عدم الاستعانة بالشركات الخاصة كما يردد البعض، أو غلق المقار على مستوى الجمهورية، على أساس أن المقرات لها حرمتها مثل المنازل، وسيتم الدفاع عنها حتى الشهادة. وناشد أمين الحرية والعدالة بالمنوفية وزارة الداخلية بالقيام بدورها الرئيسي فى حماية المقرات في مختلف محافظات مصر حقنًا للدماء. بينما أكد أحمد عارف، المتحدث الإعلامى لجماعة الإخوان المسلمين، أن جميع مقرات الجماعة والحزب سوف تستمر فى عملها خلال مظاهرات 30 يونيه، معبرًا على ثقته فى الشعب المصرى الذى يدرك جيدًا خطر من يريدون حرق البلاد، مستغلين حماس الشباب الذى يحمل المولوتوف وغيره من الأسلحة لحرق المنشآت والمقرات لزيادة الاحتقان فى الشارع، مشيرًا إلى أن وزارة الداخلية لها دورها في حماية جميع المقرات والمنشآت على مستوى الجمهورية والتصدى للمخربين. وأضاف أنه في حال انسحاب الشرطة فسوف يقوم شباب الجماعة بحماية مقراتهم. ومن جانبه، قال حسين راغب، المتحدث باسم جماعة الإخوان المسلمين بمحافظة أسيوط، إن مقرات الجماعة والحزب ستظل مفتوحة وتمارس عملها خلال تظاهرات يونيه، مؤكدًا أن شباب الجماعة والحزب هم من سيتولون مهام حماية المقرات فى المحافظات، نافيًا لجوء الجماعة إلى وسائل حماية بديلة. وقال راغب "الدفاع عن المقرات واجب مقدس على أفراد وشباب الجماعة، ولن نلجأ إلى شركات خاصة فى حماية المقرات لأننا ندرك أيديولوجية الشعب المصرى الذى ينبذ العنف والتخريب وهو شعب مسالم بطبعة ومدرك بكل ما يدور حوله ولن يستسلم إلى الأعمال التخريبية وهدم البلاد".