قال حسن يوسف، عضو مجلس أمناء المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، إن مسألة غلق منظمات المجتمع المدنى كان من المفروض أن تتعامل الدولة معها بشكل مختلف، حيث كان يجب أن تنتظر لحين إقرار مشروع قانون الجمعيات الأهلية، وأن هذا الحكم يمثل مسلسل "تصفية حسابات" النظام السابق الذي مازال موجودًا بالفعل كما في وزارة الشئون الاجتماعية. وأضاف يوسف أن هذا الحكم غير عادل وأن القانون يجب أن يتفاعل مع منظمات المجتمع المدني، مؤكدًا أن قانون الجمعيات الأهلية جيد، مشيرًا إلى أنه سوف يطرح هذا الموضوع للنقاش في اجتماع المجلس القومي لحقوق الإنسان. كما قال رومانى جاد الرب، نائب رئيس منظمة الكلمة لحقوق الإنسان، أن قرار غلق منظمات المجتمع المدنى نوع من أنواع الدكتاتورية التي يتبعها نظام محمد مرسي ويكشف أن الدولة أياديها مرتعشة. وأشار جاد الرب إلى أن أول من ساعد الشعب على القيام بثورة 25 يناير هي منظمات المجتمع المدني التي يعمل النظام على إغلاقها الآن، مشيرًا إلى أن ما حدث اليوم كشف عن رعب وخوف الدولة من عمل هذه المنظمات لأن هذه المنظمات تعمل على فضح جرائم النظام ضد المعتقلين السياسيين وشباب الثورة.