رفض البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، اختيار بديل للدكتور ثروت باسيلي في وكالة المجلس الملي، بناء على اقتراح الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس طارحًا العديد من الشخصيات العامة؛ أبرزهم المستشار نبيل ميرهم رئيس مجلس الدولة السابق لشغل المنصب الشاغر منذ شهور. وأكد شنودة في رده على بيشوي أنه لم يبت في قبول الاستقالة من عدمه وإن كان يميل لعدم قبولها – بحسب مصدر مقرب منه- علمًا بأنه قرر تجميد المجلس الملي العام تمامًا إلى أجل غير مسمى حيث لم يجتمع بأعضائه منذ عام. وكان باسيلي تقدم باستقالته في أكتوبر الماضي إثر حملة شرسة قادها ما يسمي ب "جبهة المثقفين والمحامين الأقباط" بزعامة المحامي ممدوح رمزي، لكن البابا شنودة رفض قبول الاستقالة في حينها وطالبه بالعدول عنها. وبرر باسيلي آنذاك استقالته من منصبه بأنها جاءت رد على حملة الهجوم المنظم التي شنها بعض الأساقفة وأعضاء المجلس عليه، غير أنه قال إن ذلك لا يعني استقالته من المجلس لأنه عضو منتخب ومصدق على نجاحه من رئاسة الجمهورية، وبالتالي فإن استقالته من المجلس نفسه لابد أن تقدم للرئيس حسني مبارك. وباسيلي الملقب بوزير مالية الكنيسة هو عضو بمجلس الشورى ووكيل لجنة الصحة بالمجلس ويعد من أبرز رجال الأعمال الأقباط، حيث يرأس مجلس إدارة شركة آمون للأدوية، وشعبة الأدوية باتحاد الصناعات المصرية، ورئيس الفضائية القبطية التي يشرف عليها سكرتير البابا الأنبا يؤانس المعروفة ب "سي تي في".