تسببت قرارات الدكتور محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر الشريف برفع سن القبول بالصف الأول الابتدائي إلي 6 سنوات ثم العدول عن هذا القرار والنزول بالسن إلي 5 سنوات و9 أشهر مرة أخري وكذلك العدول عن قرار رفع سن القبول بالصف الأول الإعدادي من التعليم العام والنزول بالسن من 12 سنة إلي 11 سنة تسببت في إقبال ضعيف علي المعاهد الأزهرية بجميع أنحاء الجمهورية هذا العام وكذلك قراراته بإيقاف صرف إعانة تحفيظ القرآن الكريم التي تقدر قيمتها 11 مليون جنيه بحجة ترميم وتجديد المعاهد، وكشف مصدر بمشيخة الأزهر أن كلاً من مجلس الآباء وأعضاء مجمع البحوث الإسلامية ناشدوا الشيخ بالتراجع عن هذه القرارات التي تؤدي إلي تصفية طلاب المعاهد الأزهرية وتجفيف منابع القبول بها بل مارس عدد من الأعضاء ضغوطا علي الدكتور طنطاوي من أجل التمديد أسبوعا لفترة القبول بالمعاهد حتى يتمكن أولياء الأمور من إلحاق أبنائهم بالتعليم الديني.