رأى الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك انه لابد من انخراط الأقباط في المجتمع والمشاركة في الأحزاب السياسية ليكون لهم دور سياسي فعال، مشيرا في الوقت ذاته إلى أن التشكيل الوزاري لا يرضي احد. وقال الأنبا باخوميوس في حوار أجراه مع برنامج "هنا العاصمة" على قناة "سي بي سي" : " نرقب تصاعد التيار الإسلامي بقلق " ،موضحا " الأقباط لا يسعون إلى المناصب ولكنهم يطالبون بحقوق المواطنة". وأشار إلى أن الكنيسة أكدت على مبادئ المواطنة بالدستور الجديد وطالبت باستبعاد المواد التي تتعارض مع شرائعنا " ، مضيفا : " عارضنا الإشراف على أموال الكنيسة" . ولفت الأنبا باخوميوس إلى انه سيقوم بدعوة الرئيس محمد مرسي لحضور حفل تنصيب البابا الجديد في حال تأكده من أن ظروفه قد تسمح بذلك" ، قائلا: " أخشى إحراج الرئيس إذا قدمت له دعوة ولم تسمح له ظروفه" ، مضيفا : "ننسق دائما مع الأزهر وبابنا مفتوح للجميع". واعتبر أن موقف الرئيس مرسي من تهجير أقباط رفح رسالة ايجابية ، موضحا أن الكنيسة تتحدث مع وزارة الداخلية بشأن اختفاء الفتاة سارة. ورأى قائم مقام البطريرك أن الكرسي البابوي يحتاج لشخصية قادرة على حل مشكلات وشئون الكنيسة ، مشيرا إلى أن اختيار خليفة البابا شنودة صعب لما كان لديه من مميزات. وقال : " البابا الجديد من أهم مسؤولياته تحديث إدارة الكنيسة ومؤسساتها " ، لافتا إلى أن البابا الجديد لابد أن يكون له سكرتارية خاصة تنظم كل ما يتعلق بمكتبه وتقوم بتوصيل نبض الشارع له بأمانة ويكون لديه قنوات يتعرف من خلالها بإدارة الكنائس بالمجتمع المصري والخارج. وأضاف الأنبا باخوميوس: " طلبنا من المرشحين للكرسي البابوي الاستفادة من الخبرات الموجودة بالكنيسة" ، مشيرا إلى انه " تم اختيار 5 مرشحين عبر اقتراع سري" ، مضيفا " الجميع يصلي الآن من اجل اختيار البابا الجديد". وأشار إلى أن البابا الجديد لابد أن يكون له روح قيادية ومشاركا برأيه في كل الأمور. وأكد الأنبا باخوميوس انه لم يغضب من الدعاوى القضائية التي رفعت ضده، قائلا:" لا أهوى المناصب وتنصيبي قائم مقام جاء بالإجماع وتم سحب الدعاوى بعد ذلك لعدم جدواها". وأوضح " لا يوجد نص يمنع قائم مقام للترشح للكرسي البابوي ولكنه رفض الترشح لأنه مرتبط بأولاده والأبرشية".