صرح الدكتور سمير مرقص مساعد رئيس الجمهورية للتحول الديمقراطي بأن الفريق الرئاسي هو تعبير عن الحالة المصرية بكل ما فيها من تنوع ودليل على أنه حدث تغيير حقيقي في مصر وتعبير عن نجاح ثورة 25 يناير. وحول الانتقادات التي وجهت لتشكيل الفريق الرئاسي قال مرقص: "أنا مع الانتقادات التى وجهت للفريق الرئاسي لأني كنت اتمنى ان يضم جميع الطوائف". وقال مرقص في حوار خاص للاعلامي عمرو الليثي على قناة "المحور": "الكنيسة لم تعتمد على تعييني ومهتمتي وضع تشريعات تساعد على التحول الديمقراطي"، وأضاف أن التحول الديمقراطي هو ووجود اليات حوارية تتجاوز الحوارات داخل الاحزاب والحركات السياسية وان يراعي ذلك كل المواطنيين. وأكد مرقص أن أول الملفات التي سأعمل عليها سيكون وضع قانون انتخابات يرضي القوى الوطنية، لافتاً إلى أن إنشاء روابط للفلاحين والعمال سيحدث طفرة في المجتمع المصري. وحول علاقته بالحكومة قال: "علاقتي بالحكومة سينظمها تكليفات الرئيس محمد مرسي، إذا حدث تدخل من حزب الحرية والعدالة في عملي سيكون لي موقف ومن مصلحة الرئيس أن ياخذ مسافة". وأكد مرقص أن قانون الطواريء غير مقبول وفرض العقوبات كافي جدا لمواجهة البلطجة، وتابع: "إن قانون الطوارىء عاصر وقت طويل والقوانيين الحالية فيها من مواد ما يواجه البلطجة وتحتاج الى تغليظها بدلا من عودة الطوارىء مرة اخرى"، وأردف: "العلاقه بين الرئاسة والكنيسة يجب ان تخضع للمؤسسية وتبتعد عن الشخصنة، وأن مناقشة وضع رقابة على ميزانية الكنائس يجب ان يبتعد عن الاعلام لتجنب الاحراج وان تتم داخل لجان مشكلة لذلك، وحول الخمسين كنيسة المعلقة. وأكد مؤقص أن تقنين أوضاع الكنائس المغلقة سيكون خطوة جيدة لتهدئة مخاوف الأقباط، وأشار إلى أن ملف الكنائس المغلقة مثار من حكومة عصام شرف وتم فتح 3 منهم.