رفضت الكنيسة استقبال الفريق أحمد شفيق المرشح الرئاسي لتخوُّفها من حدوث رد فعل عكسى لبعض المسلمين عندما يروْن شفيق فى ضيافة الكنيسة، على اعتبار أن شفيق مرشح الأقباط، بينما أكد الخبراء أن الكنيسة تدعم شفيق فى الخفاء حتى لا تؤثر بالسلب فيه. وفى هذا السياق قال جمال أسعد، المفكر المعروف، أن الكنيسة لم ترفض استقبال أحمد شفيق، وأحمد شفيق ليس فى حاجة للذهاب للكنيسة حتى يحصل على تأييدها، فجميع الأقباط المصريين، والذين لهم حق التصويت سواء داخل مصر أو خارجها، أصواتهم لشفيق لأسباب سياسية؛ لأن الأقباط لن يرضوا بأن يكون الإخوان المسلمين هم مَن يحكمون البلد، وأضاف أن مروجى شائعة أن الكنيسة ترفض استقبال أحمد شفيق هم أناس يفتقدون الأهلية، ومعظمهم مَن هاجر خارج مصر؛ فالكنيسة لم يخرج منها أى تصريح رسمى يرفض استقبال شفيق، مشددًا على أنه حتى لو رفضت الكنيسة استقبال شفيق فهذا فى مصلحته؛ حتى لا يفقد أصوات المسلمين المؤيدين لشفيق، فالبعض يحاول الترويج بأن شفيق هو مرشح الكنيسة فى مواجهة مرشح الإخوان المسلمين، وهذا عارٍ من الصحة. ومن جانبه أكد بولس رمزى، المفكر المعروف، على أن الكنيسة رفضت استقبال شفيق فى الكنيسة حتى لا يقف أحد ضده، وهذا متفق عليه بين الكنيسة وشفيق؛ حتى لا يتم احتسابه مرشح الكنيسة، وهنا يفقده جزءًا كبيرًا من استعطاف العديد من المسلمين. وأوضح رمزي أن الكنيسة أعطت تعليماتها للأقباط بأن يصوتوا لشفيق ضد مرسى حتى يتم حسم الجولة من البداية، ولا ينتظروا الانتهاء من فرز الأصوات؛ فالكتلة التصويتية القبطية كتلة لا يُستهان بها، والكنيسة لم تعلن دعم شفيق فى العلن، ولكنها أمرت الأقباط بالتصويت له، سواء فى الجولة الأولى أو الإعادة. وقد أكد الأنبا بسنتى، أسقف حلوان والمعصرة، على عدم رفض الكنيسة أى مرشح؛ فالكل سواسية، ولا يمكن أن نرفض أحمد شفيق حتى لا يقال إنه مرشح الأقباط، فهل لو أراد محمد مرسى المجىء إلى الكنيسة نرفضه؛ لأنه إسلامى وإخوانى، فهذا كلام مخطئ، فالكنيسة لم ترفض أحدًا، ولم تعلن تأييدها لأحد، فقد تركت الحرية للأقباط لأن يختاروا مَن هو الأصلح. وأضاف أن مقولة إن الكنيسة تؤيد شفيق لأنه يدعو إلى الدولة المدنية عكس مرسى الذى يدعو إلى الدولة الدينية، أحب أن أقول لهم: ارجعوا إلى التاريخ حتى تعرفوا كيف كان المسلمون فى بداية الفتح الإسلامى يحافظون على الوَحدة بينهم وبين بعض، فالإسلام حافظ على الكنائس والأديره عكس الرومان، وهذا يقودنا إلى التأكيد على أن كل المرشحين فى جولة الإعادة سواسية، "والرب يولِّى الأصلح لمصر".