اعترف ناشطون أقباط بأنه تم حشد أصوات المسيحيين لصالح الفريق أحمد شفيق فى الانتخابات الرئاسية، بزعم استقرار الأمن، ومواجهة سيطرة الإسلاميين، على الرغم من تأكيد الكنيسة مراراً وقوفها على مسافة واحدة من كل المرشحين ورفضها فرض وصاية على أحد. وأكد الناشط القبطى مايكل منير وجود رسائل هاتفية بين الأقباط بعضهم البعض، تدعو لاختيار الفريق أحمد شفيق، على اعتبار أنه الأقدر على مواجهة ما وصفها بالتيارات "المتشددة"، مشيراً إلى أن أحمد شفيق أكد أكثر من مرة على ضمانة حق تمثيل الأقباط، والقضاء على التمييز، وبالتالى استطاع بذلك استجداء عاطفة الأقباط. إلا أنَّه أشار، فى الوقت ذاته، إلى أنّ الرسائل كان يرسلها الأقباط بشكل "شخصى" خاصةً أنّ الأنبا باخوميوس قائممقام البطريرك، أكد فى وقت سابق وقوف الكنيسة على مسافة واحدة من كل المرشحين، حسب قوله. فيما أكد الناشط القبطى عماد توماس أنه بالفعل حدث هناك تصويت جماعى لشفيق من جانب الأقباط، إيمانًا من جانبهم بأنه سينجح فى استعادة الأمن وعودة الاستقرار للبلاد، مشيراً، فى الوقت ذاته، إلى أن الكثافة التصويتية للأقباط فى مصر لا تساعد فى رجحان كفة مرشح بعينه، إلا أنه نفى، أن يكون هناك توجيه داخل الكنيسة للتصويت لمرشح بعينه. بينما اعتبر نجيب جبرائيل، رئيس منظمة الاتحاد المصرى لحقوق الإنسان، أن تكاتف الأقباط حول شفيق جاء لإيمانهم بأنه مرشح توافقى قادر على السير بالبلد لبر الأمان. من جهته، اعتبر الناشط القبطى جمال أسعد أن المسيحيين ليسوا بالقوة التصويتية التى تساهم فى نجاح مرشح من عدمه, متسائلاً: هل كل الأصوات التى حصل عليها المرشح أحمد شفيق فى الانتخابات الرئاسية من الأقباط فقط. وطالب أسعد بضرورة البعد عن الحديث عن الأقباط بشكل منفصل عن المصريين لأنهم جزء من هذا الوطن ولهم نفس الحقوق وعليهم نفس الواجبات. وكانت اتهامات عديدة قد وجهت للكنيسة بحشدها أصوات الأقباط لصالح شفيق، خاصةً أنّ الأقباط قد حرصوا على تواجدهم بشكل مكثف فى جميع اللجان الانتخابية دون أن يتخلف منهم أحد، وأكدت استطلاعات مختلفة عن توجه أصواتهم لصالح شفيق. ووجه عدد كبير منهم سهام النقد على الكنيسة التى قامت بتوجيه الناخبين لاختيار مرشح بعينه, خاصة أنها لم تحسن الاختيار فى دعمها لأحد مرشحى الرئاسة. على الجانب الآخر، نفت الكنيسة وممثلون عنها هذه الاتهامات، مشيرةً إلى أن الكنيسة موقفها واضح وصريح من الانتخابات الرئاسية وأنها ملتزمة بإعطاء كل مواطن الحق فى الاختيار الحر دون توجيه أو وصاية من الكنيسة. فيما نفى الدكتور كميل صديق، سكرتير المجلس الملى بالإسكندرية، ما تردد بشأن قيام المجلس الملى بتوجيه الأقباط للتصويت لصالح مرشح بعينه، مشيراً إلى أنّ تقدم المرشح أحمد شفيق فى عدد من اللجان ليس دليلاً على دعم الأقباط حسب قوله.