اتهم المفكر القبطي جمال أسعد، البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية بمخالفة تعاليم الكتاب المقدس في اختياره أعضاء المجمع المقدس البالغ عددهم 85 مطرانًا وأسقفًا. وقال أسعد إن المجمع الذي بدأ اجتماعاته أمس، لا يقوم بدوره التاريخي والروحي في متابعة ومناقشة قضايا الكنيسة، بعد أن أخذت العلاقة داخل المجمع بين البابا شنودة والأساقفة منحى لا يتفق مع قانون الكنيسة، مشيرًا إلى أن لوائح الكنسية تؤكد أن البابا أخ وشريك للأساقفة في الخدمة الرسولية وليس رئيسًا لهم. وأوضح أن البابا شنودة يخالف تعاليم الكتاب المقدس عندما يقوم باختيار أعضاء المجمع وتعيينهم في الوقت الذي يقول الإنجيل: "أنتم تختاروا ونحن نقيم"، وهو ما معناه أن تخضع عملية اختيار أعضاء المجمع لإرادة الشعب القبطي من خلال انتخابات نزيهة. وحذر المفكر القبطي من أن اختيار البابا لأعضاء المجمع سيجعل منهم تابعين له ويعطيه بالتالي سلطة تمرير القرارات داخل المجلس وإصدار القرارات الإملائية في كثير من الأحيان، مثلما فعل عندما أصدر برقية مبايعة للرئيس مبارك في الانتخابات الرئاسية الماضية عبر المجمع. وأكد أن مثل هذه الأمور وغيرها حولت المجمع من مؤسسة روحية تقود الكنيسة وتناقش قضاياها إلى مؤسسة سياسية واجتماعية وإدارية، وأصبح الأسقف يمثل سلطة دنيوية لا سلطة دينية، على حد تعبيره .