أصبحت المساجد الأثرية تئن من انتشار السرقات بها، رغم مكانتها الأثرية والدينية في نفوس المواطنين، فلم تكتف بحالة الإهمال الشديد التى وصلت إليها، لتلاقي المساجد الأثرية مصير الهلاك ومواجهة اللصوص بمفردها دون حماية من المسئولين، بعد تعرض مساجد مصر القديمة لسرقة أغراضها القيمة والإهمال الشديد، بعد عدم تسجيلها بوزارة الآثار وتحولها لملقي قمامة أو سوق أو هدمه أو محو أثره التاريخي. فعلى الرغم من ووعود وزارة الأوقاف، منذ فترة طويلة بإنشاء إدارة لحماية المساجد الأثرية من السرقة، إلا أنها لم تنفذ حتى الآن. ومن جانبه، نفى السعيد حلمي رئيس قطاع الآثار الإسلامية والقبطية بوزارة الآثار, مسئولية الوزارة بتعرض المساجد الأثرية للسرقة, لافتًا إلى أنها تخضع لمسئولية وزارة الأوقاف ملكًا وتأمينًا, وذلك بسبب تأدية الشعائر الدينية بداخلها. وقال حلمي في تصريحاته ل"المصريون", إنه تم استرداد المسروقات وفقًا للمحاضر التي تم تحريرها بهذا الشأن. وهذا ما أكده أسامة هيكل رئيس لجنة الثقافة والإعلام والآثار بمجلس النواب، قائلا إن هذه مسئولية وزارة الأوقاف ولا تدخل للآثار بشيء. وأوضح هيكل في تصريحاته ل"المصريون"، أن هذه المساجد لكي يتم ضمها لوزارة الآثار،سيتم منع إقامة الشعائر الدينة بها، وتتحول لمزارات سياحية فقط لكي تكون تحت حماية الآثار وتصرفها. ومن جهة أخري أوضحت وزارة الأوقاف خطتها لمواجهة هذه الحالات المتكررة من السرقة بإنشاء إدارة خاصة، وقال الشيخ جابر طايع، وكيل وزارة الأوقاف، إن الغرض من إنشاء إدارة خاصة بالمساجد الأثرية، وإدارة أخرى لحماية المساجد الكبرى غير الخاضعة لوزارة الآثار للحفاظ عليها من أي سرقات. وأضاف طايع في تصريحات إعلامية، أن هذه الإدارات ستتولى إجراء حصر لكل مقتنيات المساجد الأثرية، والمساجد الكبرى بالإضافة لمراجعة أئمة المساجد الكبرى.