لم تكد تمر ساعة واحدة على قرار جماعة الإخوان المسلمين بمصر، ترشيح المهندس خيرت الشاطر لخوض انتخابات الرئاسة المصرية، حتى توالت ردود أفعال الغاضبة من قبل قيادات إخوانية وليبرالية. وقال الدكتور محمد حبيب، النائب السابق لمرشد الإخوان، إنه يرفض ترشيح خيرت الشاطر للرئاسة من خلال جماعة الإخوان المسلمين معتبرا القرار يندرج ضمن أخطاء كثيرة ترتكبها الجماعة في الفترة الأخيرة. وقال حبيب: إن مبدأ اعتراضه على المهندس خيرت الشاطر ينبع من كونه رجل أعمال" ولا يعقل في مصر بعد الثورة التي أطاحت بحكم رجال الأعمال أن تأتي برجل أعمال رئيسًا"، موضحًا أن الشاطر هو الرئيس التوافقي بين الإخوان والمجلس العسكري كونه كان مهندس الاتفاقات بين الطرفين. من جانبه اعتبر أحمد ماهر المنسق العام لحركة شباب 6 أبريل على صفحته على موقع التواصل الاجتماعي فيسبوك، قرار اختيار خيرت الشاطر (يشير إلى ) "استمرار مخالفة جماعة الإخوان لكل ما أعلنوا عنه قبل ذلك، بأنهم لن يرشحوا أحدا للرئاسة.. وأعتقد أن سبب تراجعهم عن تصريحاتهم السابقة بعدم الترشح للرئاسة هو انقسام الجماعة والحزب المنبثق عنها على ترشيح الشيخ حازم أبو إسماعيل أو الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح". وقالت الدكتورة كريمة الحفناوي القيادية في حركة "كفاية" على صفحتها على موقع "فيسبوك" إن الإخوان المسلمين لم يكتفوا بالبرلمان والجمعية التأسيسية بل يطمعون في الحصول على الرئاسة معتبرة أن رجوع الإخوان عن تصريحاتهم السابقة فيما يخص الرئاسة " ليس إلا دليلا على وصول الصراع بين الإخوان والمجلس العسكري إلى أشده".