انتقد حقوقيون، تقارير المجلس القومي لحقوق الإنسان (حكومي)، قائلين إنها تؤكد تبعيته للنظام، واصفين أعضاء المجلس بأنهم "موظفون حكوميون أكثر من كونهم شخصيات حقوقية"، نظرًا لأن "التقارير التي تصدر عن المجلس تفتقد إلى المصداقية والشفافية". وحذروا من أن عدم الشفافية تفتح الباب للتدخل الخارجي أمام المنظمات الحقوقية الدولية لإصدار تقارير عن الوضع الحقوقي في مصر، لكونها تتمتع بالمصداقية، الأمر الذي يدين النظام. وقال تقرير المجلس القومي لحقوق الإنسان في تقريره السنوي الصادر مؤخرًا حول الاختفاء القسري، إنه أحال إلى وزارة الداخلية 266 بلاغًا لاختفاء قسري حتى مارس الماضي، أقرت الوزارة بوجود 238 منها في أماكن الاحتجاز التابعة لها. ونقل بيان المجلس عن وزارة الداخلية قولها، إنها ليست مسئولة عن اعتقال 44 شخصًا تم الإبلاغ عن فقدانهم، مرجحة أن يكونوا قد اختفوا لأسباب أخرى، بينها الانضمام إلى مجموعات جهادية. وجاء في تقرير المجلس القومي أنه "لا يمكن القول إن قضايا حقوق الإنسان تشكل أولوية في اهتمامات الدولة حتى الآن". وقال الدكتور سعد الدين إبراهيم، رئيس مجلس أمناء مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية ل "المصريون"، إن "التقارير الصادرة عن المجلس القومي للحقوق الإنسان تؤكد حقيقة ما يتردد عن أن المجلس يعمل لدى النظام". وأضاف: "المجلس لا يمكنه الإجابة على تساؤلات انتهاكات حقوق الإنسان خلال عهد الرئيس عبدالفتاح السيسي، والتضييق على الحقوقيين والقبض عليهم وسجنهم، وغلق المجال العام، وتكميم الأفواه، لأن المجلس لو ذكر ذلك في تقريره فسيكون بمثابة إدانة صريحة للدولة والنظام السياسي، وهو ما لا يستطيع أن يفعله أعضاء المجلس". وتطال المجلس القومي لحقوق الإنسان، اتهامات حقوقية، بأن دوره "سلبي" في الدفاع عن حرية سجناء الرأي والتعبير، كما طالته اتهامات في وقت سابق ب"الانحياز" لوزارة الداخلية خلال زيارته الأخيرة لسجن العقرب. وتابع إبراهيم: "المجلس سوف يفتح الباب أمام منظمات الدولية للتداخل في مصر، وبالتالي سيعطى المجال للدول التي تهتم بمجال حقوق الإنسان بالاهتمام بما يحدث داخل النظام"، موضحًا أن إيطاليا بدأت بالفعل بالتصعيد ضد النظام، الذي أكد أنه ينتهك حقوق الإنسان. وأكد حسين حسن حسين، عضو منظمة "الاتحاد المصري لحقوق الإنسان"، أن التقرير السنوي للمجلس القومي لحقوق الإنسان لم يتطرق إلى الانتهاكات ضد المواطنين في عهد النظام الحالي، إذ رصد فقط الشكاوى دون الرد على الجزء المهم وهو حلها أو التوصيات الواجب اتخاذها من الدولة لعدم تكرار حالات الانتهاك لحقوق الإنسان ضد المواطنين. وتابع: "المجلس يجب أن يكون مستقلاً ويكون الجسر بين الدولة والأفراد والمجتمع الدولي"، موضحًا أن "الحقوقيين الذين يعملون بالمجلس أصبحوا موظفين حكوميين". وأضاف حسين ل "المصريون": "التقرير الذي صدر عن المجلس يبتعد كل البعد عن مصداقيته كمجلس حقوقي، وبالتالي يفتح الباب للتداخل الخارجي أمام المنظمات الحقوقية الدولية التي تتمتع تقاريرها بالمصداقية". وأوضح عضو منظمة "الاتحاد المصري لحقوق الإنسان، أن "كثرة الانتهاكات تفقد الشعب الكرامة والعدالة الإنسانية والحرية والاقتصاد وكل هذا سوف يؤدي إلي ثورة ضد النظام". وطالب حسين، المنظمات الحقوقية داخل مصر التطرق في تقاريرها إلى حالات انتهاكات داخل الأقسام الشرطية، وزيادة حالات الاختفاء القسري والتضييق على الحقوقيين والقبض عليهم خلال عملهم وعمليات التكميم الأفواه، ما يؤكد مصداقيته كمنظمة حقوقية.