اقترحت لجنة حوض النيل بالمجلس المصري للشؤون الخارجية، أن تتقدم مصر بمبادرة جديدة ، لإدارة العمل النيلي المشترك، وذلك من خلال «اتفاقية، أو منظمة إقليمية» للتكامل في حوض النيل، يتم التشاور حولها مع هذه الدول توطئة للتوصل إلى توافق نهائي بشأنها. وطالبت اللجنة، في تقريرها السنوي الأول عن عام 2010، والذي أعده الدكتور عبد العاطي الشافعي، رئيس اللجنة، وفاروق حسنين مخلوف، مقرر اللجنة، بأن تشتمل تلك المنظمة الإقليمية علي هياكل قانونية، وسياسية وفنية، ويقودها «مجلس أعلي» يتشكل من رؤساء دول الحوض العشرة بالإضافة وجود هياكل تنظيمية تؤازرها وتساندها في مجالات السياسة والاقتصاد والمجتمع المدني. ولفت واضعو التقرير إلى ضرورة أن يسبق طرح أي مبادرة مصرية في هذا الشأن، خطوات استطلاعية ل«جس نبض دول الحوض»، مؤكدين أن مثل هذا التكتل المقترح يتجاوز في أهميته كل اتفاقيات أو ترتيبات التكامل أو الشراكة التي تربط مصر بأي دولة أو مجموعة أخرى من الدول، وإن من شأن هذا التكامل النيلي أن ينشئ شبكة من المصالح المشتركة والاعتماد المتبادل بين دول الحوض لتكون المياه جزءا منها ويكون التكامل سندا للمياه. ودعا التقرير إلى إنشاء هيكل وطني لإدارة العلاقات مع حوض النيل، يتمتع بدرجة عالية من الكفاءة والتنظيم والرؤية المستقبلية والقدرات الفنية والتكنولوجية والإدارية، من بينها نظام معلومات، ووزارة دولة لحوض النيل، كوزارة سيادية ترتبط برئيس الدولة مباشرة، مشيرا إلى ضرورة أن تقوم هذه الوزارة بدورها في تنسيق مع مجلس الوزراء والأجهزة الدولة المعنية. كما اقترح التقرير إنشاء مجلس قومي للمياه والأمن المائي، تكون مهمته الاشراف علي دراسة ومراجعة وتطوير ومتابعة استراتيجيات وسياسات مصر المائية، وربطها مع أوضاع حصة مصر في مياه النيل، وما يحتمل أن تتعرض له من متغيرات. وطالب بضرورة إنشاء صندوق حكومي مصري لتمويل المشاريع التنموية والمائية في دول الحوض، موضحا أن هذا الصندوق يجب أن يتلقي دعما لموارده المالية والفنية من المؤسسات الإقليمية والدولية وأن دوره هو التوفيق بين أولويات واحتياجات دول الحوض وتوثيق العلاقات والمصالح فيما بينها وتكون شروط تمويله ميسرة . وشدد واضعو التقرير على ضرورة أن تمتلك مصر إستراتيجية كاملة بها بدائل للتحرك في حوض النيل، مشيرين إلى أن كافة الوقائع والأدلة في علاقاتها بدول الحوض تدل علي أنها لا تمتلك مثل هذه الإستراتيجية في مجال يعتبر بالنسبة لها مسألة حياة أو موت. وأخذ التقرير على مصر تعتيمها على مسار المفاوضات، والتنويه المتكرر لعدة سنوات بأنه تم الاتفاق على 99% من مشروع اتفاقية الإطار القانوني، إلى أن حدثت أزمات كينشاسا ثم الإسكندرية ثم شرم الشيخ والتي أتاحت لمصر إنذارات كافية، ولكنها لم تستفد منها في تفادي المواجهة وذروة الأزمة التي تمثلت في توقيع دول المنابع منفردة علي اتفاقية الإطار القانوني لحوض النيل دون مصر.
