انتقد الكاتب الصحفى، وائل قنديل، دفاع الحكومة عن شيخ الازهر، مؤكداً أن الأزهر مؤسسة مستقلة وليست مؤسسة حكومية تابعة للنظام الحالي . وقال"قنديل فى تصريحات له على "الجزيرة مباشر مصر": " إن انتقاد شيخ الأزهر ليس هجوما على الأزهر" مشيراً إلى أنه كان أداة لتبرير الانقلاب ولذبح المعتصمين في رابعة العدوية. وتساءل "قنديل" قائلاً: " أين موقف الازهر من قتل وحرق جثث المتظاهرين؟، وهل هناك مبرر شرعي لقتل 3 آلاف مصري لمجرد أنهم معارضين للانقلاب.