في نظر محبيه؛ يعد الشيخ أبو اسحاق الحوينى قلب المنظومة السلفية فى مصر، فهو - بتعبيراتهم "إمام الحديث" أو "المحدث الأكبر" أو "أسد السنة"، لكنه لدى أخرين يبدو مثيرا للجدل، سيما عندما يتحدث في السياسة. وأثار الحوينى اهتمام الرأى العام منذ اندلاع الثورة المصرية بمواقفه المتعددة التي أعلنها بعدما تحول لناشط سياسي يحاضر في جامعة القاهرة عن "فن الكياسة في السياسة"، ثم وهو يتجول في ربوع مصر ليسعد مريديه بندوات طويلة عن "السياسة"، كان أشهرها في بورسعيد. وطوال شهور تسعة، خالف الحويني عادته القديمة، وتحول من رمز دينى يحتل مكانة كبيرة، لدى أنصاره، الي طرف فى مناوشات ومعارك سياسية، استخدم فيها المنبر لدعم اتجاه على حساب اتجاه، ومن ذلك موقفه في تأييد الاستفتاء الخاص بتيسير المرحلة الانتقالية، والذي أجري في 9 مارس الماضي. ويذكر للحويني أيضا أنه عارض حركة المقاومة الفلسطينية "حماس" وعضو مكتبها السياسي خالد مشعل، حيث استهزأ في تصريحات خاصة في 3 يونيو بحماس ومشعل، رغم أن الحركة والرجل يحسبان على التيار الإسلامي، ويؤديان أدوارا يؤيدها الحويني نفسه. ومؤخرا؛ دخل الحويني معركة مع مفتى الديار المصرية الدكتور على جمعة، ظهر من خلالها تأثيره، وحدود شعبيته المترامية، وذلك على خلفية تضاربهما في تفسير الأحاديث النبوية الشريفة، خصوصا ما يتعلق منها بقضية النقاب، حيث يرى المفتي أنه ليس فرضا، بينما بصر الحويني على العكس. ويرى البعض أن الموقف الذى يتخذه الحوينى ليس غريباً فالعلاقة بين السلفيين والمؤسسات الدينية الرسمية في مصر منذ البداية في تنافر مستمر، فمنذ إرهاصات هذه الدعوة في مصر وهناك شد وجذب بين أئمة الدعوة السلفية من ناحية، ورموز الفكر الديني الرسمي من ناحية أخرى. على أن هذا التفسير مردود عليه، بأن الحويني نفسه أكد أن هجومه على شخص المفتي، لا المؤسسة، مطالبا بإقالة الدكتور علي جمعة بتهمة تزييف الأحاديث النبوية والإفتاء الباطل. ولاقت حملة الحويني على المفتي تأييداً كبيراً من مريديه الذين دعوا إلى مليونية السبت المقبل لإقالة جمعة وأطلقوا عليها " مليونية مؤازرة فضيلة الشيخ أبي اسحاق الحوينى ضد مفتى الضلالة على جمعة "، وألفوا قصيدة وصفت الدكتور على جمعة ومن يتبعوه "بكتيبة الشيطان. والأكثر من ذلك أن أنصار الحوينى دعوا جموع المصريين الى اتخاذ مركز آخر للفتوى غير دار الإفتاء المصرية التي يشرف عليه "واحد يحارب البدر الحويني الذي ينشر الضياء لان جهله مظلم وشديد" على حد قولهم. على الجانب الآخر، يظهر الدكتور على جمعة وكأنه يقف وحده دون مناصرين، خاصة بعد أن تسببت تصريحاته الأخيرة عن الشيعة في مصر ووصفه لهم بالخطر الحقيقي على أمن مصر، في حملة ثانية عليه، لا يٌعرف إلي أين ستقوده؟!.