باشرت نيابة البدرشين تحقيقاتها فى حادث القطار، حيث ذكر السائق "مجدى صموئيل جرجس - 49 سنة ، أنه سلم نفسه بعد الحادث، منذ صباح أمس، وبعدها تم نقله إلى مقر نيابة البدرشين للتحقيق معه فى الحادث ، والتى أمرت بحبسه 4 أيام على ذمة التحقيقات، باتهامات القتل الخطأ وإصابة آخرين فى حادث قطار البدرشين. وأضاف أنه خرج بالقطار فى حالة طبيعية بعد الكشف الفنى عليه ومناظرة الفنيين والمهندسين له كالمعتاد قبل تحركه، مؤكدا أن فنيى الصيانة سلموا القطار وأنه لا يُسأل عما حدث، قائلا : "دا شغلهم أنا مفهمش فيه هما اللى بيفحصوا، ويقولولى خده". وقال : "إنه توقف فى محطة المنيا لتمرير قطار كان قادما خلفه، ثم واصل بعدها رحلة السير، حتى وصل بالقرب من محطة البدرشين، ففوجئ خلال سيره بجسم القطار ينسحب ويشد الجرار إلى الخلف، فأوقف القطار ونزل مهرولًا لاستطلاع ما حدث، فوجد الطامة الكبرى ، أن العربة الأخيرة تنفصل وتنشطر إلى أجزاء ، بينما سقط المجندون بين قتيل ومصاب". وبحث فريق من النيابة عربة القطار، حيث كشفت المعاينة المبدئية لهيثم سعيد مدير النيابة أن العربة انشطرت إلى ثلاثة أجزاء بمن داخلها ، حيث انشطرت مقدمة العربة وطارت لعدة أمطار حتى وصلت إلى ال"سبنسة" مقدمة قطار بضائع كان مخزَّن داخل المحطة، على خط سكة حديدى بعيد تماما، عن الذى كان يسير فيه قطار الحادث، بينما انفصلت القاعدة الحديدية بعجلاتها التى تحمل العربة بمن فيها، عن الهيكل العلوى لعربة القطار، وتبين أن ذلك الهيكل طار عدة أمتار إلى الأمام تاركا هيكله الحديدى حتى وصل إلى باقى جسم القطار والتصق به من شدة الارتطام. أمر المحامى العام للنيابات جنوبالجيزة بتشكيل لجنة من أساتذة قسم النقل والمواصلات بكليات الهندسة فى الجامعات المصرية الكبرى؛ لبيان سبب الحادث بعض ظهور الأقوال المتضاربة، وفحص القطار لبيان سبب الحادث والتحقق منه إذا كان عيبا فنيا، أم السرعة المفرطة.