وضعت وزارة التربية والتعليم ضمن منهج التربية الدينية المسيحية للصف الثالث الثانوي والتعليم الفنى فصلاً خاص عن تأسيس مجلس كنائس مصر، و حرص الامين العام للمجلس القس الدكتور بيشوى حلمى فى كتابة هذا الفصل على ابراز مفهوم المجلس ولجانه وأنشطته المختلفة التى تعمل بروح التعاون والمحبة بين جميع الكنائس المصرية. يذكر ان مجلس كنائس مصر تأسس فى فبراير 2013 دعما للتعاون المشترك بين الكنائس الاعضاء "القبطية الأرثوذكسية، الروم الارثوذكس، الكاثوليكية، الانجيلية، الاسقفية".