لعبت الكنيسة القبطية دورًا وطنيًا بارزًا خلال حرب أكتوبر، وكان للبابا الراحل شنودة الثالث مواقف بطولية في هذه الحرب، حيث بعث البابا شنودة عدة منشورات، إلى الجنود على الجبهة، والشعب المصري ككل في وقت الحرب، كذّب فيها فكرة أن "إسرائيل هي شعب الله المختار"، فقال البابا في أحد منشوراته: "إننا لا نخوض حربا عدوانية ولا نعتدي على أملاك أحد، بل إننا نحارب داخل أراضينا، دفاعا عنها، لهذا فإن بلادنا تحارب بضمير مستريح، وبقلب نقى، بل إنها كسبت إلى جوارها ضمير العالم، غير المتحيز، المحب للعدل". وحرص البابا على زيارة الجنود على الجبهة أكثر من مرة، مثل زيارته لهم في 10 أبريل 1972، وألقى كلمة على الجنود. وفور الإعلان عن الحرب، عقد البابا شنودة الثالث اجتماعا مع كهنة القاهرة بالقاعة المرقسية، مع الأنبا رويس بالعباسية، ناقش فيه الواجب الذى يجب على الكهنة القيام به في هذا الوقت من عمر الوطن، واتخذ البابا والكهنة عددًا من القرارات التى جعلت الكنيسة في قلب المعركة مع الوطن، وهى الاهتمام بالدفاع المدنى، وتدريب الشباب عليه، وأقيم مركز للدفاع المدنى في كنيسة مارجرجس بالجيوشى بشبرا، كما تم الاتفاق على زيارة المستشفيات العسكرية، وتقديم الهدايا والمعونات للجنود والجرحى، والاطمئنان على صحتهم. كما فتحت الكنائس الأدوار السفلية، لتكون مخابئ وقت الغارات، مع تدبير الإسعافات الأولية، وقامت بتوعية الشعب بما يجب عليه خلال أيام القتال، سواء بالعظات أو النشرات. وفى أثناء الحرب، وبمجرد معرفة أقباط المهجر نبأ العبور، تحولت الكنائس في الخارج لمكان تجمع المصريين، لعقد الندوات والمؤتمرات والمظاهرات المؤيدة للموقف المصرى، والتصدى وكشف أكاذيب الإعلام الإسرائيلي. وعقد قداسة البابا شنودة الثالث اجتماعا للمجلس الملى العام في يوم الجمعة الرابع من أكتوبر عام 1974 وذلك لوضع برنامج خاص لاشتراك الكنيسة في احتفالات السادس من أكتوبر في مناسبة العبور، وقد قرر المجتمعون برئاسة البابا شنودة أن تدق أجراس الكنائس في سائر أنحاء البلاد بصفة مستمرة لمدة نصف ساعة، اعتبارا من الساعة 12 ظهرًا يوم الأحد السادس من أكتوبر 1974 وتقام القداسات في هذا اليوم على الأرواح الذين استشهدوا في سبيل الدفاع عن الوطن ومصر والمصريين.