كشف تقرير لجنة الهيئة القومية للأنفاق عن عدم سلامة نفق الأزهر على الرغم من تأكيدات الدكتور جلال السعيد، محافظ القاهرة، سلامة النفق. وأكد تقرير اللجنة الهندسية حول نفق الأزهر الذي حصلت "البوابة نيوز" على نسخة منه أن الأعمال المدنية لا يوجد بها مشاكل، لكن نظام الكاميرات والمراقبة الحالي غير مستقر ويعانى كثرة الأعطال أما نظام التحكم فيحتاج إلى تغيير، كما أن نظام إطفاء الحريق يعمل بشكل جزئي وهناك مواسير تحتاج لتغيير. وأكد التقرير أن نظام التليفونات لا يعمل ويحتاج إلى تحديث ونظام التهوية يحتاج إلى تغيير حساسات " نسبة العادم" و"نسبة الرؤية" و" قياس سرعه الرياح " ونظام التغذية الكهربائية يحتاج إلى قطع غيار لخلايا الجهة المشوشة، ونظام الراديو لا يعمل، ولا توجد أجهزة اتصال محمولة مع مسئولي التشغيل والصيانة، ونظام الاسكادا يحتاج إلى تطوير في الهارد وير والسوفت وير. ووضعت اللجنة حلولا لمشاكل النفق وهى تجديد عقود شركات الحقن ومكافحة القوارض وصيانة الكروت الإلكترونية، إضافة إلى توفير قطع الغيار المطلوبة للأنظمة التي تحتاج لصيانة، إضافة إلى تكليف إحدى الشركات الكبرى بتوريد قطع الغيار المستوردة وتوفير أجهزة لاسلكية محمولة التي تتبع نظام الشرطة "تترا ". كما طالبت اللجنة بتوفير مهمات الصيانة والحماية المدنية وتوفير 3 شاشات لنظام المراقبة بالكاميرات حتى يتسنى مراقبة النفق بصف مستمرة حفاظا على حياه المواطنين.