برز اسم محمد أحمد خلف الله عام 1947 إثر مناقشة رسالته للدكتوراه عن "الفنّ القصصي في القرآن الكريم" تحت إشراف أستاذه في التفسير بجامعة فؤاد الأوّل، القاهرة حاليًّا، أمين الخولي، حيث أثارت هذه الرسالة ردود فعل عديدة رافضة لما جاء فيها وصلت حدّ التكفير، إذ اعتبرت ما أتى به خلف الله تقويضًا لقداسة النص القرآني ونزعًا لصبغته الإلهيّة، وقد بلغ الأمر إلى درجة تكوين لجنة خاصة أعادت النظر في محتوى الرسالة وانتهت برفضها ومطالبة صاحبها بإعداد رسالة أخرى. وجرى تحويل صاحب الرسالة إلى عمل إدارى، وحرمان واحد بقيمة عظيمة في تاريخ الفكر الإسلامي المستنير هو الشيخ أمين الخولى المشرف على الرسالة من تدريس «علوم القرآن» أو الإشراف على رسائل تتصل بالقرآن.. واستند قرار الجامعة في معاقبة الأستاذ على أن قرار تعيينه بدرجة أستاذ في 6 أكتوبر 1946 كان تخصيصا لكرسى «الأدب المصرى».. ويقال إن معاقبة المشرف كان استجابة لاستجواب قدمه عضو في البرلمان لوزير المعارف عن مصير الأستاذ الذى أشرف على هذه الرسالة. انشغل الرأى العام المصرى بمثقفيه وسياسيه وصحافته وجامعته وأزهره وأحزابه بهذه القضية التى عكست صراع «المقلدين» و«المجددين» في الجامعة وخارجها.. يروى «خلف الله» باختصار بداية قصته التى قادته إلى ما حدث معه في هذه الأزمة.. ويذكر في كتابه «مفاهيم قرآنية»، سلسلة «عالم المعرفة»: "علاقتى بالموضوع تبدأ في الثلاثينيات من القرن الماضى، عندما كنت طالبا بقسم اللغة العربية بجامعة القاهرة - الجامعة المصرية يومذاك، قائلا: «كانت هناك مادة دراسية هى الدراسات القرآنية، وكان الذى يقوم بتدريس هذه المادة الأستاذ الشيخ أمين الخولى، كان ينهج منهجا جديدا في الدراسات القرآنية التى تليق بكلية الآداب التى كان يجب أن تقوم على أساس من دراسة القرآن دراسة أدبية، كان يقول: لقد درس الفقهاء القرآن، ودرس اللغويون القرآن، ودرس البلاغيون القرآن، ودرس الفلاسفة وعلماء الكلام القرآن، ولكن الأدباء لم يقوموا بهذه الدراسة، على الرغم من أن القرآن الكريم معجزة أدبية في المقام الأول، وكان يقول: إن الأستاذ الإمام الشيخ محمد عبده وضع حجر الأساس لهذه الدراسة". يتذكر خلف الله: «كنت أسمع هذه الكلمات فتمتلئ نفسى بها، وكنت أشعر شعورا داخليا قويا بأننى من دون زملائى الراغب في هذه الدراسة والقادر عليها.. كنا ندور في محيط المفاهيم القرآنية، وماذا أبقاه القرآن الكريم على حاله؟ وماذا أخرجه وأعطاه معنى مجازيا أو معنى دينيا؟.. كان هذا العمل يستلزم التعرف على استخدامات الألفاظ في القرآن الكريم كله وإلا جاء ناقصا.. كنت شغوفا بهذه العملية، وكنت من المتقنين لها، وكنت أعد نفسى لمتابعة الدراسة في هذا الميدان، ووقع ما كنت أحدث نفسى بها، فلم أكد أتخرج حتى التحقت بالدراسات العليا، وتخصصت في الدراسات القرآنية بالذات، كان موضوع دراستى الأولى لنيل درجة الماجستير هو جدل القرآن، وهو الكتاب الذى نشرته فيما بعد تحت اسم "محمد والقوى المضادة"، من حيث إن هذه القوى المضادة هى التى كانت تثير الجدل حول محمد، عليه السلام، وحول القرآن الكريم، وكان موضوع رسالتى الثانية لنيل درجة الدكتوراة "الفن القصصى في القرآن الكريم".. وكنت أول من اقتحم ميدان الدراسات القرآنية من بين طلاب قسم اللغة العربية بكلية الآداب". إلاّ أنّ محمّد أحمد خلف الله لم يرضخ للحملة التي قامت ضدّه وضدّ أستاذه، وقام بنشر رسالته سنة 1953 لتتوالى من ثمّ طبعاتها مرّات عدّة. ومحمّد أحمد خلف الله من تلاميذ الأزهر وكلية الآداب بالقاهرة حيث حصل على الإجازة سنة 1939، وقد تخصّص في الدراسات القرآنيّة وحصل على درجتي الماجستير والدكتوراة، ومن أبرز أساتذته نذكر طه حسين ومصطفى عبد الرازق وأحمد أمين، فضلًا عن المشرف على أطروحته الشيخ أمين الخولي، الذي وجّهه نحو الاهتمام بالجانب اللغوي والبياني في بحثه مع الاستفادة من علمي الاجتماع والنفس، ومن مؤلّفات محمّد أحمد خلف الله نذكر: "القرآن ومشكلات حياتنا المعاصرة"، و"القرآن والدولة"، و"القرآن والثورة الثقافيّة"، و"هكذا يبنى الإسلام"، و"محمّد والقوى المضادة" وهو في الأصل نصّ رسالته لنيل درجة الماجستير، وكان عنوانها الأصلي "جدل القرآن"، و"الأسس القرآنيّة للتقدّم"، و"مفاهيم قرآنيّة"، وغيرها من المؤلفات. وقد شغل محمّد أحمد خلف الله وظائف التدريس بكليّة الآداب، ومعهد الدراسات العربيّة التابع لجامعة الدول العربيّة، وعمل وكيلًا لوزارة الثقافة المصريّة.
