قدم عدد كبير من قيادات الجماعة الإسلامية استقالاتهم بصورة غير رسمية إلى مجلس شورى الجماعة، بينما قدمها آخرون بصورة رسمية في محاضر للشرطة، ومنهم بعض قيادات الجناح العسكري السابق للتنظيم، احتجاجًا على الاستمرار فيما يسمّى ب "التحالف الوطني لدعم الشرعية"، الذي دشنته جماعة الإخوان الإرهابية المحظورة ليتولى الدعوة والتنسيق لتظاهراتها وأعمال العنف والإرهاب التي تقوم بها هي وحلفاؤها في الشارع المصري. وكان عدد من قيادات الجماعة قد قدموا استقالاتهم، وأعلنوا عن مبادرة للإصلاح تتضمن الانسحاب من التحالف الموالي لجماعة الإخوان الإرهابية، وإقالة قيادات الجماعة الحاليين وعلى رأسهم القيادي عثمان السمان والشيخ طه خليفة عضو مجلس شورى الجماعة، والشيخ رمضان حسن أمير مركز العدوة بالمنيا، والقياديان: الشيخ سلامة حمودة وأحمد ثابت بمركز ملوى بمحافظة المنيا، إضافة إلى أعضاء جبهة الإصلاح وعلى رأسهم الشيخ محمد ياسين همام. وأكد الشيخ رمضان حسن، أمير الجماعة الإسلامية في مركز العدوة بمحافظة المنيا، أن كل أفراد المركز يؤمنون بدعوة الإصلاح الأخيرة، وأنهم غير راضين عن مجلس الشورى الحالي، وسوف يساهمون في سحب الثقة منه، كما أكد حسن على طرح 3 نقاط تتعلق بالجماعة الإسلامية، أهمها: رفض التحالف مع جماعة الإخوان الإرهابية المحظورة والانسحاب ممّا يسمّى ب "تحالف دعم الشرعية"، الدعوة إلى عقد جمعية عمومية جديدة، وإقالة عصام دربالة رئيس مجلس الشورى الحالي. وقال الشيخ طه خليفة: "إن الجماعة الإسلامية عاشت محنة عصيبة في أول ثمانينيات القرن الماضي واستمرت في التسعينيات حتى أواخر 2011، وكان ينبغي عليها بعد هذه المحنة أن تحافظ على كيانها وأفرادها، لكن ما يحدث الآن من تمسك الجماعة بأمر التحالف قد يفسد على الركب مسيرته، وأشار خليفة إلى أنه طالب مجلس شورى الجماعة بأن يتخذ موقفا واضحا وصريحا تجاه التحالف مع جماعة الإخوان الإرهابية المحظورة، وأن تعمل بكيانها وأفرادها نحو الحراك على الساحة كما ترى، بعيدة عن الارتباط الذي يحملها تبعات الآخرين. بدوره قال مسؤول العلاقات الخارجية السابق للجماعة، الشيخ محمد ياسين همام، إن القيادى طه خليفة والشيخ عثمان السمان والشيخ رفعت حسن والقيادي أحمد ثابت والشيخ سلامة أحمد حمودة، كلهم قد استقالوا من التنظيم، لأن ما جنته الجماعة الإسلامية في الفترة الأخيرة من الفرقة والخلاف والعداوة بين أبنائها، وترك المساجد والدعوة وتهذيب النفس أشعرها بالغربة. وكشف الشيخ محمد ياسين همام، عن حجم الغضب والثورة داخل قواعد الجماعة الإسلامية بالصعيد، احتجاجا على عدم موافقة مجلس شورى الجماعة على الانسحاب من التحالف مع الجماعة الإرهابية المحظورة، وقال "إن القيادات التاريخية للجماعة تحاول امتصاص حالة الفرقة التي ضربت أوصال الجماعة بمحاولات لسحب الثقة من عصام دربالة ومجلس شورى الدعوة الإسلامية"، مشيرًا إلى حجم الغضب داخل الجماعة، والذي وصل إلى درجة تقديم عدد من الاستقالات بصورة رسمية في محاضر للشرطة المصرية، على رأسهم عدد من قيادات الجناح العسكري السابق للجماعة. من جانبه، قال الشيخ محمد سيد عبد القادر، المتحدث الإعلامي باسم جبهة الإصلاح: "إن كذب قيادات الجماعة بدأ ينكشف حينما أقرّ طارق الزمر - أمام قناة الجزيرة - بأن قيادات بالجيش طلبت من الجماعة الخروج من دعم المعزول محمد مرسي، وكان كل ما سبق تخديراً وخداعاً لأبناء الجماعة، فإننا خارج المشهد وهم شركاء أساسيون فيه، والأفراد مخدّرون بالثقة العمياء بقيادة الجماعة". وأضاف أن ما توقعته الجبهة من الانزلاق إلى دوامة العنف، رغم أن القيادات قالوا إنهم مصرّون على السلمية، وهنا تكرر الجبهة دعوتها للقيادة وللأفراد بضرورة العودة إلى الدعوة والعمل الاجتماعي والبعد عن السياسة التي لم يحصد منها إلا البلاء والخراب، وتساءل عبدالقادر: "ماذا بعد الانتقال من مرحلة الصبر إلى مرحلة حق الدفاع الشرعي، وما يليها من مراحل، وهي الهجوم وإحداث النكاية بالعدو وغيرها من مراحل قد عشناها من قبل، والنتيجة واحدة، وهي العنف المسلح ونهاية الجماعة".