قال الجهادي السابق نبيل نعيم إن معظم قيادات الإرهاب فى سيناء كانوا معه فى سنوات السجن، وبعد خروجهم اتصلت بهم جماعة الإخوان، وأقاموا معها علاقات جيدة جدًا. وأضاف نعيم في تصريحات خاصة ل"البوابة نيوز": كما اعترف زعيم «القاعدة»، محمد الظواهري، بأن نائب مرشد «الإخوان»، خيرت الشاطر، دعمه ب15 مليون دولار لتوحيد الجماعات التكفيرية فى سيناء، وهذه هى اعترافاته فى النيابة، والمخابرات المصرية رصدت مكالمات بين محمد مرسى وأيمن الظواهرى من التليفون الخاص برفاعة الطهطاوي، الذى كان يعمل فى ديوان الرئاسة، وكما هو معروف فإن رفاعة الطهطاوى يرتبط بصلة قرابة مع أيمن الظواهرى (أبناء خالة). وتابع: قال محمد مرسى للظواهري فى المكالمة: «إزيك يا أمير المؤمنين أحوالك إيه؟ ابعتلى كل الناس اللى عندك أسكنهم فى سينا وليك عليا إنهم يعيشون عيشة رغدة، ولا يلاحقون أمنيًا». وقالت المخابرات المصرية إنها سجّلت 15 مكالمة بين محمد مرسى وأيمن الظواهري. وقال نبيل نعيم إن هيلارى كلينتون أكدت العلاقة بين «الإخوان» والجماعات الإرهابية فى سيناء، ضمن كتابها «الخيارات الصعبة»، مشيرة إلى وجود اتفاق بينهم على إعلان إمارة إرهابية فى سيناء، فى 5 يوليو 2013، وتم الاتفاق مع 12 دولة على الاعتراف بها، ولضرب هذا المخطط خرج الرئيس السيسى بإعلان 3 يوليو 2013.