قال الدكتور جابر طايع، وكيل وزارة الأوقاف: إن كل ما أشيع عن استخدام المساجد في أحداث الوراق أو إقحامها في المشكلة أمر عار تمامًا من الصحة، موضحًا أنه تم مراجعة بعض الأجهزة المعنية في ذلك فأكدت أنها لم ترصد أي تجاوز بالمساجد. وأكد الدكتور طايع أنه "بالمتابعة والتحقيق لم يتم استخدام المساجد مطلقًا في أحداث الوراق". وأضاف "طايع"، خلال مداخلة هاتفية في برنامج "رأي عام"، مع الإعلامي عمرو عبدالحميد، على قناة "ten"، أن وزارة الأوقاف ليس لها علاقة بما حدث في جزيرة الوراق، ولم يتم استخدام مكبرات الصوت داخل المساجد لإثارة الفوضى أو تحريض الناس على قوات الأمن، حيث إن للمساجد حرمة وخاصة في تلك الأمور . وأشار إلى أن الأوقاف حريصة على سلامة مساجدها، والأئمة حريصون على قدسية تلك المساجد.