بدأ عمله في النيابة العامة، وتخصص في قضايا الإرهاب والتجسس وإهدار المال العام، وتدرج في المناصب إلى أن شغل منصب رئيس محكمة استئناف القاهرة، والمحامي العام الأول لنيابات أمن الدولة، ثم نائبًا لرئيس الجهاز المركزى للمحاسبات. المستشار هشام بدوى، المحامى العام الأول لنيابات أمن الدولة الأسبق، ونائب رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات، والذي أصدر الرئيس عبدالفتاح السيسي قرارًا جمهوريًا منذ قليل، بتعيينه قائمًا بأعمال رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات عقب إعفاء المستشار هشام جنينة من منصبه. تولى منصب المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا عام 2005، وعين رئيسًا لمحكمة استئناف القاهرة، وأشرف على تحقيقات أخطر القضايا المتعلقة بالحركات الجهادية والتكفيرية وقت عمله وكيلًا ورئيسًا بالنيابة، كما مسئولية التحقيق في قضايا نظام مبارك المتعلقة بإهدار المال العام والاستيلاء عليه عقب ثورة 25 يناير. وحقق المستشار بدوى في قضية شركة سلسبيل عام 1992 المتهم فيها محمد خيرت الشاطر، وحسن مالك جمعة أمين، ومحمود عزت بعدما تبين سعيهم لإعاد خطة جماعة الإخوان المسلمين التي عرفت وقتها بخطة "التمكين". وأشرف على تحقيقات أخطر القضايا المتعلقة بالحركات الجهادية والتكفيرية وقت عمله وكيلًا ورئيسًا بالنيابة، من بينها قضية خلية حزب الله عام 2009، إضافة إلى عدد من قضايا الجماعات الإرهابية، وقضية عبدة الشيطان، وقضايا التجسس بعد الثورة، وقضية ضابط الموساد الإسرائيلى إليان المعروفة إعلاميًا ب"جاسوس الاتصالات"، والجاسوس الأردنى بشار أبو زيد، أردنى الجنسية، المتهم بالتجسس لصالح الموساد في القضية رقم 146 لسنة 2011. ويوصف بدوي بأنه "بعبع الإخوان" بسبب تصديه للعديد من القضايا المتورط فيها قيادات من الجماعة الإرهابية.